Theo UBND TP, sau khi thành lập, Ban Quản lý phát triển đô thị sẽ giúp tinh giản bộ máy quản lý. Cụ thể, cơ cấu tổ chức sẽ tinh giản từ 3 ban (Ban Quản lý khu đô thị Nam TP, Ban Quản lý khu đô thị Thủ Thiêm, Ban Quản lý khu đô thị Tây Bắc) thành một ban.
Khi đi vào hoạt động, Ban Quản lý phát triển đô thị sẽ thay đổi phạm vi quản lý từ 3 khu đô thị riêng lẻ thành các khu đô thị trên địa bàn TP. Sau khi được Thủ tướng chấp thuận, UBND TPHCM sẽ làm tờ trình và đề án theo đúng thủ tục, quy định.