Ngoài ra, các doanh nghiệp này còn giao khoán cho tổ chức, cá nhân hơn 31.334ha; chưa kể rất nhiều khu nhà, đất do Nhà nước giao quản lý, làm trụ sở tại Hà Nội, Hải Phòng, TPHCM… được cho thuê sai mục đích, có nhiều dấu hiệu vi phạm. Đến nay, diện tích mà các doanh nghiệp thu hồi được chỉ khoảng 10%.
Cùng với vấn nạn tàn sát rừng tự nhiên, rừng đầu nguồn thì tình trạng lấn chiếm, xà xẻo đất nông, lâm trường, đất rừng ở nhiều địa phương cũng diễn ra rất phức tạp, tiềm ẩn nguy cơ mất an ninh, trật tự xã hội do xảy ra tranh chấp giữa người dân và doanh nghiệp.
Một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên là do những năm trước, các nông, lâm trường quốc doanh được Nhà nước giao đất chưa được đo đạc, cắm mốc, chưa có bản đồ địa chính, không có hồ sơ ranh giới cụ thể. Nhiều nơi, do đất để hoang nhiều năm không sử dụng hoặc diện tích quá lớn, địa bàn quá rộng nên bị lấn, chiếm…
Thậm chí, nhiều hộ dân được công ty giao khoán rừng và đất rừng hết chu kỳ hợp đồng nhưng không ký tiếp cũng không trả lại đất rừng. Nhiều nơi, người dân còn công khai rao bán, chuyển nhượng đất lấn chiếm của nông lâm trường. Để xảy ra tình trạng thất thoát đất công này, ngoài sự buông lỏng quản lý, thiếu trách nhiệm của các tập đoàn, tổng công ty thì theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, chính quyền một số địa phương cũng chưa quyết liệt chỉ đạo, giải quyết, nhiều trường hợp phó mặc cho doanh nghiệp tự giải quyết… Song căn nguyên vẫn do trong hơn 40 năm qua, công tác quản lý, sử dụng đất nông, lâm trường trải qua nhiều giai đoạn với nhiều chính sách liên tục thay đổi dẫn tới chồng chéo, bất cập.
Để tăng cường công tác quản lý đất đai có nguồn gốc nông, lâm trường, năm 2014, Chính phủ ban hành Nghị định 118/2014/NĐ-CP về sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của công ty nông, lâm nghiệp. Theo chỉ đạo, các doanh nghiệp như Tập đoàn Cao su Việt Nam, Tổng công ty Lâm nghiệp Việt Nam… được cổ phần hóa và phải cắt giảm diện tích sở hữu, bàn giao cho các địa phương quản lý để bố trí đất cho người dân không có đất ở, đất sản xuất; triển khai chương trình tái định cư, định canh, nhất là với đồng bào dân tộc thiểu số. Song, theo thống kê, hiện các công ty này vẫn còn “ôm” tới 1,8 triệu ha đất nông, lâm trường. Trong khi tổng diện tích cần phải trả lại các địa phương là 450.000ha thì đến nay mới bàn giao được hơn 78.000ha. Số còn lại, các doanh nghiệp đề nghị được giữ lại, trong đó có phần đất bị lấn chiếm, xảy ra tranh chấp, đất đã giao khoán, cho thuê... Do giữ lại diện tích lớn nhưng năng lực quản lý kém nên đất nông, lâm trường vẫn đang tiếp tục bị xà xẻo, thất thoát... Thực trạng này được Thanh tra Chính phủ chỉ ra và đã đề nghị chuyển kết luận sang cơ quan điều tra.
Theo quy định, nếu là đất lấn chiếm, sử dụng sai mục đích phải kiên quyết thu hồi và làm rõ trách nhiệm từng bộ, ngành, địa phương. Trước hết, Bộ TN-MT, Bộ NN-PTNT cần rà soát lại diện tích đất do các công ty nông, lâm trường giữ lại so với nhu cầu thực tế. Tiếp tục sắp xếp, cổ phần hóa các công ty, nông, lâm trường để làm ăn có hiệu quả và có trách nhiệm với đất rừng. UBND các tỉnh, thành phố tăng cường công tác quản lý nhà nước về đất đai, kế hoạch sử dụng đất nông lâm trường; đẩy nhanh công tác đo đạc, xác định ranh giới, cắm mốc, lập bản đồ, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng… để ngăn chặn ngay tình trạng lấn chiếm, tranh chấp. Cùng đó, Bộ Tài chính rà soát lại đất đã giao nhưng không thu tiền sử dụng đất. Bộ NN-PTNT, Bộ TN-MT, Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp cũng cần kiểm điểm nghiêm túc, xử lý trách nhiệm đối với các tổ chức, cá nhân có khuyết điểm, vi phạm tại Tập đoàn Cao su Việt Nam, Tổng công ty Lâm nghiệp Việt Nam, Tổng công ty Chè Việt Nam như Thanh tra Chính phủ đã kết luận và kiến nghị.