Thông tư quy định rõ về xác định giá trị còn lại của tài sản gắn liền với đất đã tạo lập hợp pháp theo quy định của pháp luật mà không có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước để hoàn trả cho chủ sở hữu tài sản khi nhà nước thu hồi đất do vi phạm pháp luật về đất đai (hướng dẫn khoản 1 Điều 18a Nghị định số 47/2014 của Chính phủ - được bổ sung tại khoản 2 Điều 4 Nghị định số 01/2017).
UBND cấp tỉnh xem xét từng trường hợp cụ thể để quyết định việc trả giá trị còn lại của tài sản gắn liền với đất đối với các trường hợp nhà nước thu hồi đất do vi phạm pháp luật về đất đai quy định tại điểm c và điểm g khoản 1 Điều 64 Luật Đất đai.
Theo đó, việc xác định giá trị còn lại của tài sản gắn liền với đất để hoàn trả cho chủ sở hữu tài sản theo quy định nêu trên, được thực hiện tại thời điểm nhà nước thu hồi đất. Giá trị còn lại của tài sản gắn liền với đất theo quy định này là tổng giá trị còn lại của từng tài sản gắn liền với đất thu hồi. Giá trị còn lại của từng tài sản gắn liền với đất được xác định là giá trị còn lại của cây trồng, vật nuôi được xác định bằng mức bồi thường đối với cây trồng, vật nuôi quy định tại Điều 90 Luật Đất đai. Giá trị còn lại của nhà, vật kiến trúc, công trình xây dựng khác gắn liền với đất (sau đây gọi là công trình xây dựng gắn liền với đất) được xác định theo công thức: Giá trị còn lại của công trình xây dựng gắn liền với đất bằng (=) tỷ lệ % chất lượng còn lại của công trình xây dựng gắn liền với đất nhân (x) với giá xây dựng mới của công trình xây dựng gắn liền với đất.
