Chương trình phối hợp hoạt động gồm các nội dung chính như: nghiên cứu đổi mới, xây dựng và thí điểm áp dụng một số mô hình, cơ chế, chính sách tháo gỡ, thúc đẩy hoạt động KH-CN; đổi mới sáng tạo. Theo đó, các bên sẽ tham gia xây dựng cơ chế chính sách thúc đẩy hoạt động KH-CN, đổi mới sáng tạo và phát triển cơ sở ươm tạo, kỹ thuật hỗ trợ doanh nghiệp của TPHCM. Đồng thời, xây dựng cơ chế hợp tác công tư trong triển khai hoạt động KH-CN, đổi mới sáng tạo. Mặt khác, nghiên cứu và triển khai một số chương trình, đề án, nhiệm vụ KH-CN tiêu biểu, như chương trình nghiên cứu ứng dụng trí tuệ nhân tạo; xây dựng và triển khai chương trình “Nghiên cứu ứng dụng và phát triển vi mạch và vi điện tử phục vụ đô thị thông minh và các ngành công nghiệp”; thực hiện dự án thí điểm mô hình xe điện tại TP Thủ Đức…