Ngoài ra, công tác quản lý nhà nước, sự phối hợp giữa các sở, ngành, địa phương, hoạt động của Ban Quản lý vịnh Nha Trang còn nhiều bất cập, hạn chế, thiếu sót. Hệ sinh thái ở vịnh biến đổi do khai thác thủy sản trái phép, nạo vét, xây dựng các công trình ven biển không đúng quy định, xả thải từ các hoạt động du lịch…
Thường trực Tỉnh ủy Khánh Hòa yêu cầu UBND TP Nha Trang phải tạm dừng hoạt động lặn biển tại các khu vực dễ làm tổn hại rạn san hô vịnh Nha Trang, đặc biệt là Hòn Mun; khoanh vùng bảo vệ các khu vực nhạy cảm, đang có dấu hiệu phục hồi các hệ sinh thái; yêu cầu các đơn vị liên quan phải bảo vệ nghiêm ngặt khu vực Hòn Mun, phối hợp các chuyên gia, viện nghiên cứu đánh giá đầy đủ thực trạng các rạn san hô ở vịnh, lập kế hoạch phục hồi.
Theo ông Huỳnh Bình Thái, Trưởng Ban Quản lý vịnh Nha Trang, tại vịnh có 7 điểm lặn thì khu vực Hòn Mun có tới 6 điểm, và đơn vị đang đánh giá, phân vùng để đóng cửa một vài điểm lặn ngắm san hô; tạm dừng chèo thuyền thúng, đi tàu đáy kính ngắm san hô.
