Cụ thể, thanh tra việc thực hiện thu nộp ngân sách nhà nước, chống thất thu thuế, ngăn chặn có hiệu quả các hành vi buôn lậu, gian lận thương mại, sản xuất, kinh doanh hàng giả, chuyển giá, trốn, lậu thuế, phát hiện kịp thời các trường hợp kê khai không đúng, không đủ, gian lận thuế.
Trọng tâm vẫn là thanh tra các doanh nghiệp hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế, nợ đọng thuế lớn; các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu, điện lực, kinh doanh bất động sản; doanh nghiệp phát sinh chuyển nhượng vốn, thương hiệu, chuyển nhượng dự án (cả các ngành nghề kinh doanh mới, đặc thù); các tổ chức tài chính - ngân hàng; doanh nghiệp đầu tư nước ngoài có dấu hiệu chuyển giá; doanh nghiệp nhập khẩu có giá cả không ổn định, nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất xuất khẩu, gia công cho thương nhân nước ngoài; doanh nghiệp trong khu chế xuất…
Trong đó, các doanh nghiệp hoàn thuế giá trị gia tăng với số tiền lớn, các doanh nghiệp có dấu hiệu sử dụng hóa đơn bất hợp pháp cũng thuộc nhóm có rủi ro cao sẽ bị thanh tra.
