Theo Bộ GTVT, an toàn hệ thống là việc đảm bảo an toàn bằng cách áp dụng có hệ thống các biện pháp kỹ thuật, công cụ quản lý để xác định các nguy cơ, kiểm soát rủi ro nhằm đạt được mục tiêu về độ tin cậy, tính sẵn sàng, khả năng bảo dưỡng và độ an toàn. Chính vì thế, dự thảo nêu rõ, đường sắt đô thị xây dựng mới, trước khi đưa vào khai thác cũng như đường sắt đô thị khi nâng cấp, thay đổi phải được đánh giá, chứng nhận an toàn hệ thống; thẩm định, cấp giấy chứng nhận thẩm định hồ sơ an toàn hệ thống. Cụ thể như thay đổi hệ thống tín hiệu điều khiển chạy tàu; thay đổi kiểu loại phương tiện; cải tạo hệ thống cung cấp điện sức kéo; nâng cao năng lực vận tải, mở rộng quy mô tuyến; thay đổi cơ cấu tổ chức của tổ chức vận hành. Nội dung đánh giá, chứng nhận an toàn hệ thống được đề xuất là đánh giá độ tin cậy, tính sẵn sàng, khả năng bảo dưỡng và độ an toàn đối với phương tiện, hệ thống tín hiệu điều khiển chạy tàu, hệ thống cung cấp điện sức kéo, cửa chắn ke ga (nếu có); đánh giá rủi ro phương án sơ tán hành khách trong trường hợp khẩn cấp, trên cầu cạn, trong đường hầm, nhà ga; đánh giá tương thích điện từ; đánh giá tích hợp hệ thống, thử nghiệm vận hành, chạy thử hệ thống; đánh giá hệ thống quản lý an toàn vận hành…
