Cụ thể, căn cứ điểm g khoản 2 điều 26 Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính, khi làm thủ tục hải quan, nếu có nghi vấn về tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ nhưng chưa đủ cơ sở để từ chối thì cơ quan hải quan tạm tính thuế theo mức thuế suất MFN hoặc thuế suất thông thường và tiến hành xác minh theo quy định tại khoản 3 của điều này.
Điểm b khoản 3 điều 26 quy định rõ: “Việc xác minh phải được hoàn thành trong thời gian sớm nhất nhưng không quá 150 ngày, kể từ thời điểm người khai hải quan nộp bộ hồ sơ hải quan hoặc kể từ thời điểm cơ quan thực hiện việc xác minh đối với các nghi vấn phát hiện trong quá trình kiểm tra sau thông quan, thanh tra, trừ trường hợp các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên có quy định khác về thời hạn xác minh. Trường hợp cơ quan có thẩm quyền cấp chứng từ chứng nhận xuất xứ của nước xuất khẩu trả lời kết quả xác minh quá thời hạn nêu trên, cơ quan hải quan căn cứ kết quả xác minh để xử lý theo quy định tại điểm d khoản này”.
Khi xác minh xong, thì áp dụng khoản 3 điều 26 của thông tư này, cơ quan hải quan tiến hành các thủ tục hoàn trả cho người nhập khẩu khoản chênh lệch giữa số tiền thuế tạm thu theo mức thuế suất MFN hoặc thuế suất thông thường và số tiền thuế tính theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt khi cơ quan cấp thông báo kết quả xác minh đáp ứng yêu cầu xác minh của cơ quan hải quan và khẳng định tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa.
