Tuy nhiên, sự hình thành và phát triển đô thị còn thiếu kiểm soát, hạ tầng đô thị phát triển thiếu đồng bộ. Việc triển khai đầu tư phát triển đô thị còn dàn trải, chưa theo quy hoạch. Mặc dù các cơ quan quản lý đặt mục tiêu phát triển đô thị tăng trưởng xanh, giảm tác động môi trường. Phát triển đô thị phải gắn với phát triển giao thông công cộng và đường thủy, xây dựng công trình riêng lẻ theo hướng tiết kiệm năng lượng, sử dụng vật liệu, thiết bị ít phát thải carbon. Đổi mới quy hoạch đô thị theo hướng quy hoạch xanh, đảm bảo sự cân bằng cấu trúc hệ sinh thái, phát triển hệ thống không gian cây xanh, mặt nước và có giải pháp quản lý hệ thống này.
Tuy nhiên, Việt Nam đang đối mặt với sự thiếu hụt cơ sở hạ tầng giao thông đô thị, giao thông công cộng chiếm tỷ lệ quá thấp. Các dự án giao thông công cộng quy mô lớn đang chậm trễ và chưa thể khai thác; không có sự quan tâm đầy đủ, công bằng đến quyền đi lại của người đi bộ và đi xe đạp, cùng với đó là vấn nạn tắc đường, ô nhiễm môi trường khiến đô thị Việt Nam đang đối mặt với nhiều thách thức. Theo KTS Trần Ngọc Chính, Chủ tịch Hội Quy hoạch và phát triển đô thị Việt Nam, hiện hệ thống giao thông công cộng tại các đô thị lớn chưa hoàn thiện đồng bộ, thiếu tính kết nối vùng. Tại TPHCM, phương tiện cá nhân chiếm tới 93%, phương tiện công cộng rất hạn chế, do đó rất khó khăn để mở rộng quy hoạch. Những bất cập này phải được sớm giải quyết thì mới có thể xây dựng và phát triển đô thị theo hướng bền vững và sống tốt.