Cụ thể, liên quan đến xác định tiền sử dụng đất khi cấp lại GCN đã cấp không đúng quy định của pháp luật, Thông tư 10/2018 nêu rõ: Khi cấp lại GCN đã cấp không đúng quy định của pháp luật theo quy định tại khoản 41 Điều 2 Nghị định 01/2017 của Chính phủ thì tiền sử dụng đất được xác định theo 2 trường hợp. Trường hợp GCN đã cấp không đúng quy định của pháp luật do lỗi của cơ quan nhà nước thì tiền sử dụng đất khi cấp lại GCN được xác định theo chính sách và giá đất tại thời điểm đã cấp GCN trước đây. Trường hợp GCN đã cấp không đúng quy định của pháp luật do lỗi của người sử dụng đất thì tiền sử dụng đất khi cấp lại GCN được xác định theo chính sách và giá đất tại thời điểm cấp lại GCN quyền sử dụng đất.
Thông tư cũng quy định rõ việc thu, nộp và hoàn trả nghĩa vụ tài chính của người sử dụng đất. Cụ thể, trường hợp người sử dụng đất chưa nộp tiền sử dụng đất khi được cấp GCN trước đây hoặc số tiền đã nộp nhỏ hơn số tiền sử dụng đất được xác định lại thì người sử dụng đất phải nộp số tiền sử dụng đất còn thiếu; trường hợp số tiền sử dụng đất mà người sử dụng đất đã nộp trước đây lớn hơn số tiền sử dụng đất phải nộp, khi xác định lại thì người sử dụng đất được Nhà nước hoàn trả số tiền đã nộp thừa theo quy định. Việc thu, nộp và hoàn trả nghĩa vụ tài chính của người sử dụng đất được thực hiện theo pháp luật về thu tiền sử dụng đất, ngân sách nhà nước, thuế và pháp luật khác có liên quan.
Ngoài ra, Thông tư 10/2018 cũng bổ sung quy định về thu tiền sử dụng đất khi thay đổi quy hoạch xây dựng chi tiết. Cụ thể, thu tiền sử dụng đất khi cấp GCN đối với diện tích đất tăng thêm do đo đạc lại so với giấy tờ về quyền sử dụng đất cho hộ gia đình, cá nhân đang sử dụng đất được chia ra làm 2 trường hợp. Trường hợp được cấp GCN với diện tích tăng thêm theo quy định tại Nghị định 01/2017 của Chính phủ mà hộ gia đình, cá nhân đã có GCN thì nộp tiền sử dụng đất đối với phần diện tích tăng thêm theo chính sách và giá đất tại thời điểm đã cấp GCN. Đối với trường hợp được cấp GCN đối với diện tích tăng thêm theo quy định tại Nghị định 01/2017 mà hộ gia đình, cá nhân có các loại giấy tờ về quyền sử dụng đất quy định tại Điều 100 Luật Đất đai, Điều 18 Nghị định 43/2014 thì nộp tiền sử dụng đất đối với phần diện tích đất tăng thêm theo chính sách và giá đất tại thời điểm có quyết định công nhận quyền sử dụng đất tăng thêm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Thông tư cũng quy định rõ việc thu, nộp và hoàn trả nghĩa vụ tài chính của người sử dụng đất. Cụ thể, trường hợp người sử dụng đất chưa nộp tiền sử dụng đất khi được cấp GCN trước đây hoặc số tiền đã nộp nhỏ hơn số tiền sử dụng đất được xác định lại thì người sử dụng đất phải nộp số tiền sử dụng đất còn thiếu; trường hợp số tiền sử dụng đất mà người sử dụng đất đã nộp trước đây lớn hơn số tiền sử dụng đất phải nộp, khi xác định lại thì người sử dụng đất được Nhà nước hoàn trả số tiền đã nộp thừa theo quy định. Việc thu, nộp và hoàn trả nghĩa vụ tài chính của người sử dụng đất được thực hiện theo pháp luật về thu tiền sử dụng đất, ngân sách nhà nước, thuế và pháp luật khác có liên quan.
Ngoài ra, Thông tư 10/2018 cũng bổ sung quy định về thu tiền sử dụng đất khi thay đổi quy hoạch xây dựng chi tiết. Cụ thể, thu tiền sử dụng đất khi cấp GCN đối với diện tích đất tăng thêm do đo đạc lại so với giấy tờ về quyền sử dụng đất cho hộ gia đình, cá nhân đang sử dụng đất được chia ra làm 2 trường hợp. Trường hợp được cấp GCN với diện tích tăng thêm theo quy định tại Nghị định 01/2017 của Chính phủ mà hộ gia đình, cá nhân đã có GCN thì nộp tiền sử dụng đất đối với phần diện tích tăng thêm theo chính sách và giá đất tại thời điểm đã cấp GCN. Đối với trường hợp được cấp GCN đối với diện tích tăng thêm theo quy định tại Nghị định 01/2017 mà hộ gia đình, cá nhân có các loại giấy tờ về quyền sử dụng đất quy định tại Điều 100 Luật Đất đai, Điều 18 Nghị định 43/2014 thì nộp tiền sử dụng đất đối với phần diện tích đất tăng thêm theo chính sách và giá đất tại thời điểm có quyết định công nhận quyền sử dụng đất tăng thêm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.