Đối với cấp tỉnh, căn cứ vào Nghị quyết của Quốc hội về việc sáp nhập các tỉnh thành, Ban Thường trực Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam chủ động ban hành quyết định kết thúc hoạt động đối với Ủy ban MTTQ Việt Nam các tỉnh thành thuộc diện sáp nhập (cấp tỉnh không phải thực hiện thủ tục trình về Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam).
Đối với cấp huyện, khi cấp có thẩm quyền ban hành quyết định kết thúc hoạt động của cấp huyện, Ban Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam tỉnh, thành phố chủ động ban hành quyết định kết thúc hoạt động của Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp huyện.
Đối với cấp xã, căn cứ vào quyết định của cấp có thẩm quyền quyết định kết thúc hoạt động của xã, phường, thị trấn, Ban Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp tỉnh chủ động ban hành quyết định kết thúc hoạt động của Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp xã thuộc diện sắp xếp, sáp nhập (cấp xã không phải thực hiện thủ tục trình hồ sơ về cấp tỉnh).
Về việc thành lập Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp tỉnh, cấp xã thuộc diện sáp nhập, ngay sau khi sáp nhập đơn vị hành chính cấp tỉnh, Ban Thường vụ tỉnh, thành ủy của đơn vị hành chính mới có văn bản hiệp y gửi Ban Thường trực Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam đề nghị thành lập Ủy ban, công nhận Ủy viên Ủy ban và Ban Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp tỉnh của đơn vị hành chính mới.
Đối với cấp xã, Ban Thường trực Ủy ban MTTQ cấp tỉnh ban hành quyết định thành lập Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp xã; công nhận danh sách Ủy viên Ủy ban, danh sách Ban Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp xã (Chủ tịch, Phó Chủ tịch).
Đối với các tổ chức (Liên đoàn lao động, Hội Nông dân, Hội Liên hiệp Phụ nữ, Đoàn Thanh niên, Hội Cựu Chiến binh) thực hiện việc kết thúc hoạt động, công nhận tổ chức, nhân sự theo mô hình hành chính mới tương tự như của MTTQ Việt Nam.
Về sắp xếp, hợp nhất cơ quan tham mưu giúp việc Ủy ban MTTQ, các tổ chức chính trị xã hội theo mô hình mới, đối với cấp tỉnh, việc sắp xếp, hợp nhất các cơ quan tham mưu giúp việc Ủy ban MTTQ, các tổ chức chính trị - xã hội phải bám sát định hướng sắp xếp theo các Nghị quyết, Kết luận của Trung ương, bảo đảm sự lãnh đạo thường xuyên, trực tiếp của Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Đảng ủy các cơ quan tỉnh.
Biên chế của Cơ quan Ủy ban MTTQ Việt Nam (theo mô hình mới) được lấy từ biên chế hiện có của cơ quan Ủy ban MTTQ Việt Nam và cơ quan các tổ chức chính trị - xã hội (không tính số nghỉ hưu, chuyển công tác, nghỉ việc); thực hiện sắp xếp, phân bổ biên chế trên cơ sở chức năng nhiệm vụ và vị trí việc làm, quá trình phân bổ biên chế, ưu tiên bố trí cho những ban, đơn vị có nhiệm vụ quan trọng, lĩnh vực mới.
Đối với các tỉnh thuộc diện sắp xếp, các loại quỹ của Ban Cứu trợ, Ban vận động được tổng hợp, bàn giao nguyên trạng về Ban vận động, Ban cứu trợ cấp tỉnh mới (sau khi sắp xếp); đối với các loại quỹ của Ban Vận động, Ban cứu trợ cấp huyện được bàn giao nguyên trạng về Ban vận động cấp tỉnh trước khi kết thúc hoạt động.
Hướng dẫn cũng nêu rõ về sắp xếp cấp phó của MTTQ và các tổ chức chính trị - xã hội. Khi các địa phương thực hiện sắp xếp tổ chức bộ máy theo mô hình chính quyền 2 cấp, số lượng Phó Chủ tịch của MTTQ Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội (ở những nơi sáp nhập) so với số lượng cấp phó dự kiến sau này là rất lớn. Do đó MTTQ, các tổ chức chính trị - xã hội cần chủ động đề xuất với Ban Thường vụ tỉnh thành ủy bố trí, sắp xếp cho phù hợp.
Đối với các hội quần chúng do Đảng, nhà nước giao nhiệm vụ, thực hiện sắp xếp các hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ có chức năng, nhiệm vụ trùng lặp; kết thúc hoạt động của các hội hoạt động không có hiệu quả; hợp nhất đối với các hội có đối tượng, tính chất, nội dung hoạt động tương đồng. Ban Thường vụ tỉnh, thành ủy chỉ đạo thực hiện các thủ tục để chuyển tổ chức đảng của các Hội quần chúng do Đảng, nhà nước giao nhiệm vụ về trực thuộc tổ chức Đảng của Đảng ủy MTTQ Việt Nam cùng cấp.
