Trong đó, Bộ Tài chính đã xây dựng, báo cáo Thủ tướng Chính phủ 2 phương án: phương án 1 là theo quy định pháp luật về giá (gọi tắt là phí dịch vụ); phương án 2 là theo quy định pháp luật về phí, lệ phí.
Với phương án 1 (được Bộ Tài chính lựa chọn), do Luật Giá không quy định nên việc thu phí dịch vụ sử dụng đường cao tốc do Nhà nước đầu tư sẽ cần phải được bổ sung vào Danh mục hàng hóa, dịch vụ do Nhà nước định giá. Ưu điểm của phương án này là phù hợp với Nghị quyết số 52/2017/QH14 của Quốc hội về chủ trương đầu tư dự án xây dựng một số đoạn đường bộ cao tốc trên tuyến Bắc - Nam, phía Đông giai đoạn năm 2017-2020. Trong đó, Quốc hội giao Chính phủ: Đối với những dự án thành phần sử dụng toàn bộ vốn đầu tư công thì nghiên cứu áp dụng phương án thu giá dịch vụ hợp lý để thu hồi vốn Nhà nước đầu tư.
Dự án đầu tư đường cao tốc Bắc - Nam có các đoạn, tuyến được đầu tư xen kẽ giữa doanh nghiệp và Nhà nước; cùng dịch vụ sử dụng đường cao tốc, mức thu phí (giá) khác nhau. Ví dụ, mức phí dịch vụ đường cao tốc TPHCM - Dầu Giây do Tổng Công ty Phát triển đường cao tốc Việt Nam đang thu là 2.000 đồng/km; đoạn Dầu Giây - Phan Thiết do Nhà nước đầu tư, dự kiến thu 1.000 đồng/km. Nếu không thống nhất sẽ dẫn đến phản ứng của chủ phương tiện; ảnh hưởng dự án đầu tư theo hình thức đối tác công - tư (PPP) là: không thể vừa thu phí sử dụng đường cao tốc (hoàn phần vốn Nhà nước đầu tư), vừa thu phí dịch vụ (hoàn phần vốn doanh nghiệp đầu tư). Việc thu phí dịch vụ (theo cơ chế giá) là hợp lý và đồng bộ về mức thu phí dịch vụ các dự án BOT liền kề.
Theo Bộ Tài chính, mức thu phí dịch vụ sẽ được tính toán trên cơ sở tổng mức đầu tư dự án và thời gian thu hoàn vốn dự án. Hết thời gian hoàn vốn sẽ dừng thu như các dự án xây dựng đường cao tốc đầu tư theo hình thức PPP khác. Điều này đảm bảo tính công khai, minh bạch và dễ nhận được sự đồng thuận của người dân, chủ phương tiện; tránh được sự phản ứng của người dân, doanh nghiệp và dư luận xã hội cho rằng “phí chồng phí”.
Ở phương án 2, Bộ Tài chính đề nghị bổ sung phí sử dụng đường cao tốc do Nhà nước đầu tư vào Danh mục phí, lệ phí ban hành kèm theo Luật Phí và lệ phí. Song, phương án này có nhiều nhược điểm. Ví dụ, nếu thu phí sử dụng đường cao tốc (theo pháp luật về phí, lệ phí) thì mức thu sẽ thấp hơn phí dịch vụ (theo quy định Luật Phí và lệ phí, mức phí chỉ nhằm cơ bản bù đắp chi phí cung cấp dịch vụ). Như vậy, nếu cùng sử dụng dịch vụ đường cao tốc như nhau, chủ phương tiện trả mức phí sử dụng đường cao tốc sẽ thấp hơn phí dịch vụ. Các dự án đầu tư đường cao tốc Bắc - Nam có các đoạn, tuyến đầu tư xen kẽ giữa doanh nghiệp và Nhà nước, mức thu khác nhau sẽ dẫn đến phản ứng của chủ phương tiện. Điều này cũng gây khó cho việc thu hút vốn đầu tư theo hình thức PPP.
Việc tổ chức thu phí sử dụng đường cao tốc thu qua trạm thu phí sẽ giúp ngân sách nhà nước có thêm nguồn lực để tiếp tục đầu tư, phát triển hệ thống đường cao tốc, chi thực hiện công tác quản lý, bảo trì đường cao tốc. Tuy nhiên, phí dịch vụ đường bộ có phạm vi tác động lớn, luôn được người dân và xã hội quan tâm. Hiện nay, có rất nhiều khoản thu thuế, phí (thuế tiêu thụ đặc biệt, phí sử dụng đường bộ, lệ phí trước bạ...) đều tính và thu theo phương tiện.
Việc thu phí dịch vụ đường cao tốc do Nhà nước đầu tư có thể dẫn đến phản ứng của các đối tượng tham gia giao thông. Do đó, nếu việc thu phí dịch vụ đường cao tốc do Nhà nước đầu tư là cần thiết thì phải đẩy mạnh công tác tuyên truyền, phổ biến, hướng dẫn, giải thích chính sách để người dân hiểu rõ lợi ích của đường cao tốc, tăng sự đồng thuận, ủng hộ. Trong đó, cần giải thích rõ là người tham gia giao thông có quyền lựa chọn sử dụng đường cao tốc (phải đóng phí) để hưởng chất lượng dịch vụ và lợi ích cao hơn hoặc sử dụng đường song hành (không phải đóng phí); đồng thời để người dân hiểu rõ việc thu phí sử dụng đường cao tốc không phải là “phí chồng phí”.
