Trong đó, 52 KCN do nhà đầu tư nước ngoài hoặc liên doanh giữa Việt Nam và nước ngoài và 274 KCN do nhà đầu tư trong nước làm chủ đầu tư. Khu vực Đông Nam bộ có tỷ lệ cao nhất với 108 KCN, tiếp đến là Đồng bằng sông Hồng có 82 KCN và Tây Nam bộ 51 KCN. Tỷ lệ lấp đầy bình quân tại các KCN đang hoạt động hiện nay là 73%.
Vụ Quản lý các Khu Kinh tế đánh giá, dù số lượng và tỷ lệ lấp đầy tại các KCN khá cao, nhưng cũng đang tồn tại những mặt trái rất đáng báo động. Cụ thể, hiện có khoảng 13% KCN đang hoạt động chưa hoàn thành xây dựng nhà máy xử lý nước thải. Đáng chú ý, tại các KCN sử dụng chưa hiệu quả các nguồn tài nguyên, năng lượng, nước… gia tăng khí thải, nước thải và chất thải, làm ảnh hưởng tiêu cực tới môi trường và đời sống của cộng đồng xung quanh KCN.
Bên cạnh đó, thiếu tính liên kết giữa các doanh nghiệp trong KCN để tối ưu hóa hoạt động sản xuất, dẫn đến giảm sức cạnh tranh. Nguyên nhân của thực trạng này là do lâu nay các KCN chủ yếu phát triển theo mô hình KCN đa ngành, chú ý nhiều đến việc thu hút các nhà đầu tư thứ cấp để đẩy nhanh việc lấp đầy diện tích đất cho thuê. Trong khi đó, các KCN chưa thực sự quan tâm đến việc nâng cao hiệu quả kinh tế thông qua việc hợp tác, liên kết trong và ngoài KCN để tạo nên cụm sản xuất quy mô lớn; nâng cao giá trị gia tăng còn yếu.
Trước thực trạng trên, Bộ Tài nguyên và Môi trường đang phối hợp với các địa phương triển khai chương trình mục tiêu xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng thuộc khu vực công ích giai đoạn 2016-2020. Một trong những khu vực được chú trọng xử lý nằm trong chương trình này là các khu, cụm công nghiệp. Trước mắt, Bộ Tài nguyên và Môi trường đẩy mạnh kiểm soát ô nhiễm môi trường trong các khu kinh tế, KCN, cụm công nghiệp; tập trung vào các KCN đang hoạt động nhưng chưa đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung…
