Không chỉ gặp khó khăn trong tiếp cận gói chính sách hỗ trợ, doanh nghiệp trong nước còn gặp khó khi có sự bất bình đẳng trong việc triển khai chính sách hỗ trợ đầu tư. Tại nhiều địa phương, doanh nghiệp FDI thì được trải thảm mời gọi đầu tư. Theo đó, những thủ tục hành chính được đốc thúc giải quyết nhằm tối đa hóa thuận lợi cho nhà đầu tư. Ngoài ra, tùy theo lĩnh vực, vị trí đầu tư mà các doanh nghiệp FDI còn được hưởng nhiều chính sách ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp, chi phí thuê đất, thuế nhập khẩu nguyên liệu sản xuất…
Ngược lại, doanh nghiệp trong nước muốn đầu tư lại vấp phải vô vàn rào cản khó khăn. Đơn cử, tại Khu công nghệ cao TPHCM, nhiều doanh nghiệp muốn xây dựng nhà máy sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ, nhưng hơn 3 năm vẫn chưa được cấp phép xây dựng. Hoặc như doanh nghiệp dệt may, để hoàn thiện chuỗi cung ứng nguyên liệu trong nước, rất cần đầu tư những nhà máy dệt nhuộm.
Tuy nhiên, với lý do quan ngại ô nhiễm môi trường nên nhiều địa phương đã từ chối cấp phép đầu tư, bất chấp doanh nghiệp trong nước cam kết công nghệ đầu tư hiện đại, không làm phát sinh nguy cơ gây ô nhiễm môi trường. Chưa dừng lại đó, có những doanh nghiệp được giao đất đầu tư xây dựng nhà máy nhưng chưa đầy 10 năm sau lại bị yêu cầu di dời, vì không phù hợp quy hoạch mới của địa phương… Những việc này đã được Báo SGGP phản ánh kịp thời trong các số báo xuất bản gần đây.
Môi trường đầu tư của doanh nghiệp trong nước còn gặp phải vô vàn khó khăn, bởi những quy định bất hợp lý về kiểm tra chuyên ngành. Đơn cử, cùng một nội dung kiểm định an toàn lao động, doanh nghiệp phải xin cấp phép, chứng nhận ở 9 bộ ngành liên quan. Hay như Tổng cục Hải quan cũng đã thừa nhận, trong số gần 60.000 mặt hàng được rà soát mã HS thì có đến 1.767 mặt hàng không có mã HS và bị chồng chéo về quản lý giữa các bộ ngành.
Trước thực trạng trên, nhiều doanh nghiệp cho rằng, các cơ quan chức năng cần tính toán, cân bằng lại lợi ích đầu tư giữa doanh nghiệp nội và doanh nghiệp FDI. Theo đó, cả doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp FDI đều phải được đối xử công bằng như nhau. Mặt khác, có chế tài mạnh với những địa phương, cơ quan chức năng tiếp tục làm khó doanh nghiệp nội, không kịp tháo gỡ nút thắt để đẩy nhanh gói hỗ trợ cho doanh nghiệp trong nước duy trì hoạt động sản xuất. Có như vậy, mới mong giảm số lượng doanh nghiệp buộc phải rời bỏ thị trường trong thời gian tới, duy trì nội lực phát triển nền kinh tế.