Báo cáo của Kiểm toán Nhà nước nêu, Bộ Giao thông Vận tải cho phép lập dự án BOT trước khi Chính phủ chấp thuận chủ trương dự án; không thực hiện quy trình lập, phê duyệt và công bố danh mục dự án BOT; phê duyệt dự án trước khi có Báo cáo đánh giá tác động môi trường (như dự án Cải tạo nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc); không công bố danh mục dự án, không tổ chức đấu thầu rộng rãi để lựa chọn nhà đầu tư (dự án Mở rộng xa lộ Hà Nội và QL1, đoạn từ ngã ba trạm 2 cũ đến nút giao Tân Vạn) và hầu hết chỉ định nhà thầu thi công.
Vẫn có hiện tượng xác định tăng tổng mức đầu tư, điển hình là dự án đầu tư xây dựng tuyến đường bộ ven biển đoạn qua địa bàn thành phố Hải Phòng và 9 km trên địa bàn tỉnh Thái Bình - 45,4 tỷ đồng; cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận giai đoạn 1 (kiểm toán đợt 2) 61,9 tỷ đồng; dự án cải tạo nâng cấp luồng sông Sài Gòn, đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc - 7,7 tỷ đồng…
Một số gói thầu được thi công trước khi lựa chọn nhà thầu, như cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận giai đoạn 1 (kiểm toán đợt 1). Vẫn là cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận giai đoạn 1 (kiểm toán đợt 1, đợt 2) được chỉ ra là đã “xác định chi phí sửa chữa, duy tu trong phương án tài chính chưa đủ cơ sở và căn cứ pháp lý”.
Nhiều dạng sai sót khác được chỉ ra như chưa cập nhật chi phí sử dụng trạm thu phí không dừng; sử dụng nguồn vốn thu phí BOT để hoàn vốn cho hạng mục không thuộc dự án; lập thiết kế - dự toán còn sai sót; chậm tiến độ so với kế hoạch (như cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận giai đoạn 1 chậm 5 tháng, nâng cấp QL1A đoạn An Sương - An Lạc chậm 5 tháng)...
Kết quả, qua kiểm toán các dự án BOT trong năm 2019, Kiểm toán Nhà nước đã giảm trừ chi phí đầu tư thực hiện 665,8 tỷ đồng, gồm sai khối lượng 74,5 tỷ đồng, sai đơn giá 186,9 tỷ đồng, sai khác 404,3 tỷ đồng.
Kiểm toán Nhà nước kiến nghị xử lý 925 tỷ đồng, trong đó thu hồi và giảm thanh toán 288,3 tỷ đồng, xử lý khác 618 tỷ đồng, các khoản thuế phải thu và thu hồi khác 19.428 tỷ đồng.
Một số dự án có tỷ lệ xử lý lớn là dự án Cải tạo nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc 17,345 tỷ đồng (5,18%); cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận giai đoạn 1 (kiểm toán đợt 1) 34,3 tỷ đồng (6,39%); dự án nâng cấp tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ 340,4 tỷ đồng (7,63)%.
Kết quả kiểm toán cũng giảm thời gian thu phí hoàn vốn của 7/9 dự án với tổng thời gian lên tới 56,4 năm so với phương án ban đầu.
Có thể kể đến dự án cầu Hòa Trung giảm 15,8 năm; dự án cầu Chà Là giảm 13,9 năm; dự án đầu tư xây dựng tuyến đường bộ ven biển đoạn qua địa bàn thành phố Hải Phòng và 9km trên địa bàn tỉnh Thái Bình 1 năm; dự án đầu tư xây dựng và nâng cấp mở rộng 4 đoạn tuyến QL60 nối cầu Rạch Miễu đến cầu Cổ Chiên thuộc địa bàn tỉnh Bến Tre 7 năm; dự án đầu tư xây dựng công trình cải tạo, nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc 7,5 năm; dự án BOT cải tạo, nâng cấp QL1A đoạn An Sương - An Lạc 6,3 năm; dự án đầu tư xây dựng đoạn thị xã Ninh Hòa và cải tạo QL26 tỉnh Khánh Hòa 4,9 năm.
