Nhiều chuyên gia, nhà khoa học bắt đầu lên tiếng về tương lai của một ĐBSCL vắng lũ: Khô hạn khốc liệt, mặn xâm nhập sâu, thiếu nước ngọt cho sinh hoạt và sản xuất, tuy nhiên vẫn chưa thấy động thái gì từ các bộ ngành liên quan.
Sau trận lũ vượt đỉnh lịch sử năm 2000 và 2001 gây nhiều thiệt hại, chiến lược “Sống chung với lũ” ở ĐBSCL được hình thành và ráo riết triển khai. Cụ thể là chương trình thoát lũ ra biển Tây và xây dựng cụm tuyến dân cư vượt lũ. Thế nhưng, bên cạnh một số thành công bước đầu, thì thoát lũ ra biển Tây và xây dựng cụm, tuyến dân cư vượt lũ để lại nhiều hậu quả nặng nề, khó khắc phục. Về thoát lũ, hệ thống các kênh T4, T5, T6 đều nối tiếp từ kênh Vĩnh Tế ra biển Tây, với lưu lượng không đáng kể thì cũng giống như dòng chính của kênh Vĩnh Tế đổ ra biển.
Ngoài đê bao chống lũ triệt để dọc kênh Vĩnh Tế, 2 đập tràn Tha La và Trà Sư đã làm nước dâng cục bộ phía bắc kênh Vĩnh Tế khi có lũ lớn, trong khi đó vùng Tứ giác Long Xuyên phải chịu áp lực nặng nề khi 2 đập này xả nước, khiến Cần Thơ, Kiên Giang và An Giang nhiều năm phải “ngồi lại với nhau” để chọn thời điểm xả nước. Do hệ thống cống ven biển chưa được đầu tư đồng bộ, khép kín nên những năm nước lũ thấp, nước mặn theo các tuyến kênh rạch lấn sâu vào nội đồng khiến tỉnh Kiên Giang phải chi kinh phí triển khai đắp đập lớn để khắc phục tình trạng khô hạn, mặn xâm nhập; đồng thời phải lắp đặt hàng chục máy bơm loại lớn để bơm thoát mặn, rút nước ngọt từ thượng nguồn về và giảm ô nhiễm gần khu vực các đập!
Qua kiểm tra, rà soát thực tế tại các cụm, tuyến dân cư được xây dựng trong giai đoạn 2001-2015, cho thấy, tỷ lệ số hộ dân đã vào ở trong cụm, tuyến dân cư đạt khoảng 87,4% (khoảng 127.000 hộ). Nhiều cụm, tuyến dân cư đã trở thành các khu dân cư sầm uất, một số cụm tuyến dân cư có vị trí thuận lợi đã phát triển mạnh và trở thành một phần của thị xã, thành phố lân cận. Tuy nhiên, tại nhiều tỉnh thành, không ít cụm, tuyến dân cư được đầu tư xây dựng trong giai đoạn 1 có tỷ lệ nhà ở bỏ trống và số lô đất nền để hoang hóa cao, tỷ lệ hộ dân về ở thấp. Nguyên nhân chủ yếu là do người dân sống trong cụm, tuyến dân cư thiếu công ăn việc làm, bỏ đi làm ăn xa hoặc về nơi cũ sinh sống, một số hộ có đất canh tác ở xa nơi ở mới đã rời bỏ nhà ở tại cụm, tuyến dân cư để trở về sống tại nhà cũ do không có lũ; vị trí xây dựng một số cụm tuyến dân cư chưa hợp lý, không thuận tiện cho việc sinh hoạt của người dân; việc xây dựng nhà ở theo mẫu quy định tại một số thời điểm không phù hợp với thị hiếu, phong tục, tập quán của người dân địa phương; hạ tầng kỹ thuật chưa hoàn chỉnh, suất đầu tư cao nên người dân không có đủ khả năng chi trả; một số địa phương rà soát số lượng đối tượng không chính xác dẫn tới thừa lô nền, mua bán giấy tay tràn lan gây ra nhiều tranh chấp khó giải quyết.
Quy hoạch thủy lợi ĐBSCL giai đoạn 2012 - 2020 và định hướng đến năm 2050 trong điều kiện biến đổi khí hậu, nước biển dâng của Viện Quy hoạch Thủy lợi miền Nam (đã được phê duyệt) vẫn xác định một trong những giải pháp tổng thể là tiếp tục xây dựng và nâng cấp các cụm tuyến dân cư và bảo vệ các thị trấn, thị xã, thành phố trong vùng ngập do lũ và nước biển dâng; hạn chế lũ tràn từ biên giới vào vùng ĐBSCL bằng hướng thoát lũ ra biển Tây; tận dụng khả năng trữ lũ, chậm lũ bằng các hệ thống kênh trục cắt ngang vùng lũ tạo nên với hàng chục giải pháp công trình. Nghị quyết 120/NQ-CP của Chính phủ về phát triển bền vững ĐBSCL thích ứng với biến đổi khí hậu, được đánh giá là giải pháp then chốt cho tương lai của vùng đất này, cũng vẫn thiếu vắng phương án và chiến lược ứng phó đối với những tác động từ thượng nguồn sông Mê Công. Vì vậy, về lâu dài khi dòng chính Mê Công bị chặn từ thượng nguồn, ĐBSCL sẽ không có lũ, mực nước xuống thấp; tình trạng sạt lở bờ sông, bờ biển diễn biến rất phức tạp, khô hạn và mặn xâm nhập sẽ diễn ra gay gắt. Đây là những vấn đề cần phải được tính toán thật kỹ lưỡng và có trách nhiệm đối với vùng sản xuất nông nghiệp hàng đầu nước ta.