Cùng bị đề nghị truy tố còn có bị can Nguyễn Thị Ánh Hồng (cựu Phó Tổng biên tập Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam), cùng nhiều phóng viên.
Theo kết luận điều tra, quá trình điều hành hoạt động của tạp chí, với vai trò là tổng biên tập, bị can Đồng Xuân Thụ đã chỉ đạo phóng viên của tạp chí đi tìm các sai phạm của tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp để viết bài báo phản ánh sai phạm đăng tải trên tạp chí.
Việc này nhằm gây sức ép, buộc các cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp phải liên hệ với phóng viên (hoặc phóng viên tự liên hệ) để tìm cách xử lý, xin được gỡ bài, ẩn bài, xóa bài, sửa bài viết hoặc không viết tiếp bài báo khác về sai phạm đó nữa.
Các phóng viên đã yêu cầu cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp phải làm “hợp đồng” ủng hộ chương trình “Cây chổi vàng”, “Vẽ tranh cho thiếu nhi”, hợp đồng truyền thông một số tiền để được gỡ bài, ẩn bài, xóa bài hoặc không viết tiếp các bài báo phản ánh sai phạm của các cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp đó nữa.
Cũng theo kết luận điều tra, bị can Đồng Xuân Thụ phải chịu trách nhiệm với toàn bộ số tiền liên quan việc mà các phóng viên đã chiếm đoạt của các bị hại trong vụ án là hơn 5 tỷ đồng. Hành vi của bị can Thụ bị cho là đã phạm vào tội "Cưỡng đoạt tài sản". Liên quan vụ án, bị can Nguyễn Thị Ánh Hồng cũng bị đề nghị truy tố về tội "Cưỡng đoạt tài sản".
Tài liệu điều tra cho thấy, với vai trò là phó tổng biên tập và thủ quỹ, bị can Nguyễn Thị Ánh Hồng đã giúp cấp trên của mình trong việc điều hành công việc của tạp chí, ký giấy giới thiệu cho các phóng viên đi tìm hiểu sai phạm của các cá nhân, công ty, doanh nghiệp.
Kết luận điều tra nêu, bị can Hồng cũng là người thực hiện xóa, ẩn, gỡ, đính chính bài viết phản ánh sai phạm của các cá nhân, công ty, doanh nghiệp, khi các cá nhân, công ty, doanh nghiệp nộp tiền dưới hình thức ủng hộ chương trình “Cây chổi vàng”. Bị can Hồng còn giúp cấp trên trong việc thu chi, chia phần trăm thụ hưởng các khoản tiền mà phóng viên chiếm đoạt của các tổ chức, cá nhân, công ty, doanh nghiệp.
Trong vụ án này, bị can Cao Thị Thu Hường (là kế toán của tạp chí) cũng bị đề nghị truy tố tội "Cưỡng đoạt tài sản".
