Theo UBND TP, Nghị quyết 54 đã được thực hiện hiệu quả, mang lại nhiều kết quả tích cực. Chẳng hạn, quy chế thu hút đội ngũ chuyên gia, nhà khoa học và người tài năng đặc biệt, các chính sách hỗ trợ tăng thu nhập cho cán bộ, công chức, viên chức tạo được sự phấn khởi, đồng thuận chung trong cả hệ thống chính trị. Ngoài ra, tiến độ các dự án nhóm A được đẩy nhanh hơn. Việc huy động vốn qua phát hành trái phiếu chính quyền địa phương và các kênh khác giúp TP có thêm nguồn lực để đầu tư phát triển. Việc được chủ động, xem xét chuyển mục đích của các dự án sử dụng trên 10ha đất trồng lúa giúp rút ngắn thời gian thực hiện và đẩy nhanh tiến độ triển khai các dự án.
Tương tự, việc thực hiện thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp đã tác động đáng kể đến nhận thức, hành vi bảo vệ môi trường đối với các tổ chức, cá nhân trên địa bàn. Việc đẩy mạnh ủy quyền cho các cơ quan chuyên môn, địa phương đã phát huy hiệu quả…
Tuy nhiên, UBND TPHCM cũng nhận xét, một số nội dung triển khai Nghị quyết số 54 còn chậm so với kế hoạch. Nguyên nhân do có ý kiến khác nhau giữa các bộ ngành; một số vấn đề mới, phức tạp, có tác động lớn, lâu dài, khi triển khai cụ thể cần nghiên cứu kỹ trước khi quyết định. Ngoài ra, cơ chế tài chính chưa được phát huy, TP chưa có nguồn vốn đầu tư hạ tầng…
Để tiếp tục triển khai hiệu quả Nghị quyết 54, UBND TPHCM kiến nghị Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và các bộ ngành sớm có hướng dẫn về phương án sử dụng đất khi cổ phần hóa. Do chưa có hướng dẫn này nên thời gian qua TPHCM chưa thể triển khai cổ phần hóa, dẫn tới không có nguồn thu từ công tác này. Đồng thời kiến nghị đẩy nhanh tiến độ kê khai, phê duyệt phương án và thực hiện sắp xếp lại, xử lý nhà, đất thuộc sở hữu Nhà nước của các bộ, ngành, tập đoàn, tổng công ty nhà nước trên địa bàn TPHCM. Việc này nhằm tạo điều kiện cho TP được hưởng 50% khoản thu tiền sử dụng đất khi bán tài sản công gắn liền với đất theo quy định.
TPHCM cũng kiến nghị trung ương xem xét và trình Quốc hội sớm thông qua đề án điều chỉnh tỷ lệ điều tiết ngân sách cho TPHCM giai đoạn 2022-2025, tầm nhìn 2026-2030 để tăng thu ngân sách chuyển trung ương và tạo tiền đề để TPHCM phát triển nhanh, bền vững. Ngoài ra, TPHCM kiến nghị Chính phủ chỉ đạo thực hiện sơ kết 3 năm thực hiện Nghị quyết 54 để đánh giá kết quả thực hiện và tháo gỡ các khó khăn vướng mắc cho TPHCM trong thời gian tới.