Đây là đơn vị sự nghiệp trực thuộc UBND huyện Cần Giờ, chủ đầu tư các dự án về xây dựng, sửa chữa các trụ sở công lập như trường học, bệnh viện, cơ quan hành chính nhà nước; các công trình hạ tầng kỹ thuật, giao thông nông thôn mới... Trong quá trình thực hiện dự án, với vai trò là đại diện chủ đầu tư, BQL đã có những thiếu sót cơ bản cần phải chấn chỉnh.
Cụ thể, công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự toán tại 3 dự án (Xây dựng đường song hành với đường Rừng Sác; Nâng cấp đường Đào Cử giai đoạn 2; Xây dựng tuyến đường liên xã An Thới Đông - Lý Nhơn) còn một số vi phạm như sử dụng định mức, vận dụng định mức, đơn giá, khối lượng... chưa phù hợp làm tăng giá trị dự toán tại các dự án 3,375 tỷ đồng. Trách nhiệm này thuộc về lãnh đạo BQL được phân công phụ trách, Sở GTVT, đơn vị tư vấn thiết kế, tư vấn thẩm tra và các tổ chức, cá nhân có liên quan. Ngoài ra, công tác quyết toán tại dự án Nâng cấp Trường THCS Thạnh An cũng được tính khối lượng chưa phù hợp, không đúng theo biện pháp thi công được duyệt…
Từ những kết luận nêu trên, Chánh Thanh tra TP kiến nghị và được Phó Chủ tịch UBND TPHCM Ngô Minh Châu kết luận giao Chủ tịch UBND huyện Cần Giờ chỉ đạo BQL thực hiện nghiêm túc và kịp thời các kiến nghị theo kết luận thanh tra; rút kinh nghiệm việc phê duyệt dự án đầu tư phải đảm bảo tiết kiệm, phát huy hiệu quả nguồn vốn từ ngân sách nhà nước; tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với lãnh đạo BQL có vi phạm tại kết luận thanh tra. Đồng thời xem xét, chấn chỉnh việc chỉ định thầu đối với các nhà thầu tư vấn có liên quan đến vi phạm trong công tác lập dự toán với giá trị hơn 3,375 tỷ đồng nêu trên. Giao Chánh Thanh tra TP chuyển nộp ngân sách TP hơn 491 triệu đồng là số tiền quyết toán cần giảm trừ tại dự án nâng cấp Trường THCS Thạnh An.