Theo tờ trình, việc sửa đổi, bổ sung nhằm góp phần khắc phục hậu quả bão lũ, sớm khôi phục hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt là trong lĩnh vực nông nghiệp, tháo gỡ “điểm nghẽn” trong hoàn thuế GTGT.
Tờ trình nêu rõ, Quốc hội đã ban hành Luật Thuế GTGT, có hiệu lực thi hành từ ngày 1-7-2025. Qua triển khai thực hiện, các hiệp hội và doanh nghiệp đã phản ánh vướng mắc về chính sách thuế GTGT đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế. Cụ thể, doanh nghiệp phải trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại. Số thuế GTGT thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như: cá da trơn, hồ tiêu, cà phê…) dẫn đến lãng phí thời gian và đọng vốn của doanh nghiệp, trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.
Quy định pháp luật hiện hành đã dẫn đến có sự phân biệt đối xử giữa nông sản, thủy sản sản xuất trong nước và nông sản, thủy sản nhập khẩu do nông sản, thủy sản nhập khẩu không chịu thuế GTGT khi nhập khẩu vào Việt Nam.
Do thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế nên không được khấu trừ, không được hoàn thuế GTGT đầu vào, vì vậy dẫn đến doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi bị tăng chi phí, tăng giá bán, qua đó ảnh hưởng đến người chăn nuôi. Bên cạnh đó, quy định này chưa đảm bảo công bằng và có thể làm giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu, do thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế GTGT.
Do hiện hành quy định người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế nên đã dẫn đến thực tế là các doanh nghiệp khi xuất khẩu được hoàn thuế GTGT đầu vào, nhưng lại bị chậm do phải chờ xác định người bán hàng cho mình đã kê khai, nộp thuế. Quy định này gây khó khăn và rủi ro cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế, vì doanh nghiệp không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của người bán tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế. Một số tổ chức, cá nhân phản ánh là chưa phù hợp với nghĩa vụ chịu trách nhiệm của từng chủ thể, do người mua và người bán là các chủ thể khác nhau và phải chịu trách nhiệm riêng rẽ, độc lập với nhau.
Do đó, Chính phủ cho rằng, việc sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT ngay tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa XV là cấp bách và cần thiết.
Theo đó, Chính phủ trình bổ sung về đối tượng không chịu thuế: sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu. Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thì không phải tính thuế GTGT theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Dự thảo bổ sung nội dung: thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ không phải tính thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ.
Bên cạnh đó, Chính phủ trình lược bỏ nội dung “sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất GTGT theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản”…
Để góp phần thực hiện mục tiêu tháo gỡ ngay “điểm nghẽn” trong năm 2025, Chính phủ trình lược bỏ quy định về điều kiện hoàn thuế (người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế).
Hiệu lực thi hành của dự thảo luật từ ngày 1-1-2026, để bảo bảo tính kịp thời của chính sách và hỗ trợ ngay cho lĩnh vực nông nghiệp.
Báo cáo thẩm tra, Ủy ban Kinh tế và Tài chính cho biết, nhiều ý kiến trong ủy ban cho rằng, tại kỳ họp này, chưa thật sự cần thiết trình Quốc hội sửa đổi luật. Trong trường hợp phải xử lý ngay các điểm nghẽn (nếu có) và để linh hoạt, Chính phủ có thể chủ động ban hành nghị quyết của Chính phủ để xử lý khó khăn, vướng mắc do quy định của pháp luật, báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Quốc hội tại kỳ họp gần nhất và đánh giá toàn diện sau thời gian thực hiện để đề xuất sửa luật chính thức (trong trường hợp cần thiết) trước tháng 3-2027.
Về các nội dung sửa đổi cụ thể, báo cáo thẩm tra cho rằng, trong trường hợp các nội dung sửa đổi được Quốc hội thông qua để quay lại như quy định của luật trước đây, ủy ban đề nghị Chính phủ chịu trách nhiệm đối với các nội dung sửa đổi, bảo đảm giải quyết được các điểm nghẽn trong hoàn thuế GTGT và vướng mắc, bất cập phát sinh từ thực tiễn; bảo đảm Quy định số 178-QĐ/TW về kiểm soát quyền lực và phòng chống tham nhũng, tiêu cực trong công tác xây dựng pháp luật; không để xảy ra trục lợi chính sách, gian lận hóa đơn gây thất thoát, thiệt hại ngân sách nhà nước như đã xảy ra trong thời gian vừa qua; không tạo ra các khó khăn, vướng mắc mới cho các đối tượng nộp thuế và các đối tượng khác có liên quan.
