Theo VEC, đơn vị này đang gặp rất nhiều khó khăn trong công tác quản lý vận hành trên tuyến, đặc biệt là lộ trình từ Hà Nội về Nam Định, Thái Bình qua nút giao Liêm Tuyền. Với mức độ tăng trưởng lưu lượng hiện nay, quy mô của trạm thu phí nút giao Liêm Tuyền, bao gồm 5 làn thu phí theo chiều Hà Nội - Nam Định và 3 làn thu phí theo chiều Nam Định - Hà Nội, hoàn toàn không đáp ứng được nhu cầu, dẫn đến tình trạng ùn ứ vào những khung giờ cao điểm trong ngày, dịp cuối tuần và vào các ngày lễ, Tết. Đó là chưa kể, cơ sở 2 của Bệnh viện Việt Đức và Bệnh viện Bạch Mai, xây dựng gần nút giao Liêm Tuyền vừa được đưa vào hoạt động càng làm gia tăng thêm áp lực giao thông qua nút.
Mặc dù VEC đã chủ động áp dụng nhiều phương án điều tiết giao thông như mở làn ngược chiều, tăng cường nhân sự điều tiết, phân làn, phân luồng từ xa, tổ chức bán vé giấy lượt ngoài làn... nhưng đây chỉ là những giải pháp tình thế, tiềm ẩn nguy cơ gây mất an toàn giao thông. Trong khi đó, phương án điều tiết lưu lượng về nút giao Vực Vòng và nút giao Cao Bồ để giảm tải cũng không khả thi, do khoảng cách xa và mật độ lưu thông qua các nút này khá đông.
Theo phương án nâng cấp, mở rộng, VEC sẽ mở thêm 2 làn thu phí trên nhánh N2 (chiều Hà Nội - Liêm Tuyền), với tổng bề rộng phạm vi mở rộng là 11m; 1 làn thu phí trên nhánh N1 (chiều Liêm Tuyền - Hà Nội), với bề rộng phạm vi mở rộng là 5m. Kinh phí đầu tư nâng cấp mở rộng Trạm thu phí nút giao Liêm Tuyền được phê duyệt là 29,7 tỷ đồng, từ nguồn vốn dự phòng của Dự án xây dựng đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình. Thời gian thi công từ nay đến hết 30-9-2018.
Hiện chủ đầu tư, Nhà thầu 575 và các đơn vị liên quan đang tiến hành bàn giao mặt bằng. Do vừa thi công vừa vận hành cao tốc Pháp Vân-Cầu Giẽ, các phương tiện lưu thông qua trạm thu phí Liêm Tuyền cũng sẽ bị ảnh hưởng. VEC đã yêu cầu các đơn vị liên quan đảm bảo công tác an toàn giao thông, an toàn lao động, an toàn khai thác và điều tiết giao thông tại Trạm thu phí nút giao Liêm Tuyền một cách kịp thời, hợp lý, đồng thời khuyến cáo các chủ phương tiện chủ động phối hợp để việc thi công diễn ra thuận lợi, an toàn.