Việc thu phí được thực hiện sau khi Bộ Giao thông vận tải phê duyệt phương án tổ chức giao thông toàn tuyến đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và quyết định đưa tuyến đường này vào khai thác. Theo VEC, dự án được thu phí không chỉ đảm bảo có nguồn thu để trả nợ vốn vay nhà tài trợ, giảm bớt gánh nặng về tài chính vốn vay của dự án mà còn có nguồn kinh phí để duy tu, bảo vệ kết cấu hạ tầng giao thông.
Mức thu phí sẽ được thu theo chặng hoặc toàn tuyến, trong đó, mức phí toàn tuyến thấp nhất là 200.000 đồng/lượt cho xe dưới 12 chỗ ngồi, xe tải dưới 2 tấn và xe buýt; mức cao nhất là 790.000 đồng/lượt cho xe tải trọng 18 tấn trở lên, xe container 40 feet.
Khi lưu thông trên đường cao tốc Đà Nẵng – Quảng Ngãi, người điều khiển phương tiện có thể liên lạc qua số điện thoại đường dây nóng: 19001777 để phản ánh, kiến nghị, thông báo tai nạn, sự cố xảy ra trên tuyến.
Dự án xây dựng đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi với tổng vốn đầu tư 34.000 tỷ đồng, được khởi công ngày 19-5-2013, thông xe và đưa vào khai thác ngày 2-9-2018. Tuy nhiên, Bộ Giao thông vận tải chỉ đồng ý cho chủ đầu tư thu phí đoạn sử dụng vốn JICA (Km 0 - Km 65), đoạn sử dụng vốn vay Ngân hàng Thế giới - WB (Km 65+00 - Km 131+500) chưa được thu phí do khi vừa thông xe, đoạn tuyến đã xuất hiện một số hư hỏng, gây bức xúc trong xã hội.
Điều đáng chú ý, đoạn tuyến Km 0 - Km 65 được thu phí ngay cũng đã nhanh chóng xuất hiện nhiều vị trí mặt đường bê tông nhựa bị rạn nứt, tạo ổ gà, việc sửa chữa khắc phục không kịp thời trong khi các phương tiện tham gia giao thông lưu thông với tốc độ cao, tiềm ẩn nguy cơ mất an toàn giao thông.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Văn Thể đã yêu cầu VEC tạm dừng thu phí trên toàn tuyến từ 0 giờ ngày thứ sáu ngày 12-10-2018 để khắc phục triệt để các hư hỏng. Sau đó đến ngày 27-10-2018, đoạn tuyến này mới được thu phí trở lại.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải cũng đã nghiêm khắc phê bình Chủ tịch Hội đồng thành viên và Tổng Giám đốc VEC với vai trò lãnh đạo của chủ đầu tư dự án nhưng chậm trễ trong việc xử lý hư hỏng mặt đường, né tránh trách nhiệm tạo dư luận không tốt
