Zulkarnaen hiện nằm trong các danh sách truy nã của chính quyền Indonesia và Mỹ kể từ khi xảy ra những vụ đánh bom trên đảo Bali năm 2002 khiến 202 người thiệt mạng.
Được coi như thủ lĩnh chiến binh của JI, Zulkarnaen đóng vai trò chỉ huy tác chiến của nhóm khủng bố này sau khi thủ lĩnh tiền nhiệm Nurjaman Riduan Isamuddin bị cảnh sát bắt giữ hồi năm 2003 ở Thái Lan.
Từ tháng 5-2005, Zulkarnaen đã bị Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc đưa vào danh sách trừng phạt vì có liên hệ với trùm khủng bố Osama bin Laden của Al -Qaeda.
Zulkarnaen là một trong những đại diện của Al-Qaeda ở Đông Nam Á và là một trong số ít người ở Indonesia có liên hệ trực tiếp với mạng lưới của Osama bin Laden.
