Chương trình có 8 dự án thành phần gồm: dự án phòng, chống một số bệnh truyền nhiễm nguy hiểm và các bệnh không lây nhiễm phổ biến; dự án tiêm chủng mở rộng; dự án dân số và phát triển; dự án an toàn thực phẩm; dự án phòng, chống HIV/AIDS; dự án bảo đảm máu an toàn và phòng, chống một số bệnh lý huyết học; dự án quân dân y kết hợp; dự án theo dõi, kiểm tra, giám sát, đánh giá thực hiện chương trình và truyền thông y tế.
Mục tiêu đặt ra của chương trình là chủ động phòng, chống dịch bệnh, phát hiện sớm, kịp thời khống chế không để dịch lớn xảy ra; giảm tỷ lệ mắc, tỷ lệ tử vong một số bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, khống chế tốc độ gia tăng các bệnh không lây nhiễm phổ biến, bệnh tật lứa tuổi học đường bảo đảm sức khỏe cộng đồng.
Mục tiêu đặt ra của chương trình là chủ động phòng, chống dịch bệnh, phát hiện sớm, kịp thời khống chế không để dịch lớn xảy ra; giảm tỷ lệ mắc, tỷ lệ tử vong một số bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, khống chế tốc độ gia tăng các bệnh không lây nhiễm phổ biến, bệnh tật lứa tuổi học đường bảo đảm sức khỏe cộng đồng.
20% số người mắc ung thư khoang miệng, vú, cổ tử cung, đại trực tràng được phát hiện ở giai đoạn sớm; bảo đảm tỷ lệ tiêm chủng đầy đủ cho trẻ em dưới 1 tuổi hàng năm đạt trên 95%; 100% các tỉnh, thành có mô hình chợ bảo đảm an toàn thực phẩm.
Riêng với bệnh sốt xuất huyết, chương trình đề ra mục tiêu đến năm 2020 khống chế tỷ lệ chết/mắc hàng năm do sốt xuất huyết < 0,09%.
