Nghị quyết 54 giao cho TPHCM nhiều nội dung nhưng thời gian thực hiện thí điểm lại tương đối ngắn, với chỉ có 5 năm nên đây là một trong những thách thức rất lớn mà chính quyền TP phải đối mặt. Vì vậy, điều cần làm trước tiên, theo tôi, là lãnh đạo TP phải nhanh chóng có các biện pháp làm thay đổi nhận thức, hành vi của đội ngũ bộ máy công chức, viên chức của TP. Quả vậy, nếu cán bộ, công chức của bộ máy công quyền TP vẫn giữ tư duy cũ, lề lối làm việc cũ, ứng xử cũ thì thật khó để thực hiện những ý tưởng mới, giải pháp mới và các chính sách mới. Mặc dù chính quyền TP đã có hành động nhằm làm thay đổi tư duy, nhận thức của cán bộ, công chức thông qua việc sớm trình đề án cải cách thu nhập cho lực lượng này lên mức tối đa là 1,8 lần vào năm 2020, nhưng vì bộ máy của TP đa số vẫn là những con người cũ với những quán tính cũ nên việc thay đổi nhận thức, hành vi không phải dễ dàng. Vì vậy, lãnh đạo TP cần có những chỉ đạo sát sao và thường xuyên hơn; đặt ra những tiêu chí rất cụ thể, mang tính định lượng để đánh giá hiệu quả công việc của từng sở, ngành lẫn từng cán bộ, công chức của TP.
Vấn đề thứ hai cũng quan trọng không kém đó là sự đồng thuận của người dân và cộng đồng doanh nghiệp trên địa bàn TP. Theo Nghị quyết 54, TPHCM được phép tăng thuế suất đối với một số loại hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường với mức tăng tối đa là 25% so với mức thuế suất hiện hành. Đây là cách tăng nguồn thu để đầu tư lại cho TP, nhưng cũng là một gánh nặng đối với người dân và doanh nghiệp. Vì vậy, trước mắt lãnh đạo TP cần trình bày cách rõ ràng, chi tiết đâu là những loại thuế, phí sẽ tăng, cùng với đó là kế hoạch sử dụng nguồn thu tăng thêm này một cách càng chi tiết càng tốt để người dân và doanh nghiệp biết. Đồng thời, chính quyền TP cần cam kết với người dân lẫn doanh nghiệp rằng, thuế suất tăng thì các chi phí “không chính thức” mà người dân và doanh nghiệp gánh chịu lâu nay sẽ không còn nữa hoặc bị hạn chế tới mức thấp nhất.
Thứ ba, để TP triển khai có hiệu quả Nghị quyết 54, cần phải tranh thủ càng nhiều càng tốt sự tư vấn của giới chuyên gia trong và ngoài nước về các lĩnh vực có liên quan đến các cơ chế, chính sách đặc thù. Sự tư vấn này chắc chắn sẽ giúp chính quyền TP tìm ra cách thức để thực hiện hiệu quả các cơ chế, chính sách được Quốc hội trao cho. Tất nhiên, việc tìm các chuyên gia để được tư vấn đúng cũng là điều cần phải được tính đến, bởi nếu được tư vấn bởi chuyên gia không đúng là chuyên gia thì có thể sẽ khiến cho các quyết định của TP đi chệch đường và không phát huy được những lợi thế từ cơ chế, chính sách đặc thù.