Ông Lê Văn Quang, Chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần Tập đoàn Minh Phú, phản ánh chi phí vận chuyển một container tôm từ Việt Nam sang Mỹ chỉ tốn 41 triệu đồng, từ Việt Nam sang Nhật Bản là 16 triệu đồng, nhưng từ TPHCM đến Cà Mau là 10 triệu đồng, còn từ TPHCM ra Hà Nội mất 80 triệu đồng, nếu lên tới biên giới Việt - Trung thì tốn tới 100 triệu đồng. Trong khi đó, từ Ecuador cũng vận chuyển tới Trung Quốc, xa tới hàng ngàn cây số, nhưng chi phí chưa bằng một nửa.
Theo ông Nguyễn Duy Minh, Tổng thư ký VLA, các yếu tố làm tăng chi phí logistics gồm: chi phí vận chuyển cao; phụ phí và phí địa phương cao do các hãng vận chuyển nước ngoài áp vào chủ hàng; hạn chế về cảng và cơ sở hạ tầng, các tỉnh thành đưa ra các phí hạ tầng mới; chi phí kiểm tra chuyên ngành. Trong vận chuyển, tiêu thụ, xuất khẩu các loại nông sản như rau củ quả thì chi phí logistics thường chiếm tới 20,9% (trong đó, 61% liên quan đến vận tải, 20% liên quan đến xếp dỡ, 14% lưu trữ, 5% bao bì). Theo các DN, đây là điều vô lý, do có quá nhiều trạm thu phí đã đẩy chi phí, giá thành nông sản lên cao.