Tuy nhiên, kết quả điều tra hiện trạng san hô cho thấy, so với các nghiên cứu thực hiện trước năm 2010, hiện trạng san hô đã bị suy thoái từ mức rạn phát triển trung bình xuống rạn phát triển nghèo.
Tại một số khu vực như Cát Bà, Lý Sơn, Nam Yết, Cô Tô... (là những nơi có suy thoái rạn nghiêm trọng), san hô chết hàng loạt, điều này thể hiện xu thế suy thoái rạn san hô đang diễn ra trên toàn vùng biển Việt Nam từ phía Bắc đến phía Nam. Ngay cả trong các khu bảo tồn biển, rạn san hô cũng bị suy thoái khoảng 0,72%/năm.
