Theo kết luận điều tra, trong vụ việc này, mặc dù không kiểm đếm học sinh khi xuống xe nhưng bà Nguyễn Bích Quy (nhân viên đưa đón học sinh) vẫn ghi vào sổ nhật ký xe thể hiện học sinh đi thực tế là 13, không có học sinh xuống muộn dẫn đến để quên bé L.H.L trên ô tô.
Đối với tài xế Doãn Quý Phiến, cơ quan điều tra xác định đã bất cẩn, cẩu thả sau mỗi lượt xe hoạt động, không kiểm tra khoang hành khách, không vệ sinh trong ngoài ô tô, tin tưởng bà Quy đã kiểm tra, kiểm đếm đủ học sinh khi xuống xe nên khóa cửa, không phát hiện cháu L. còn bên trong. Cơ quan điều tra xác định, hành vi của bà Quy, ông Phiến đã cấu thành tội “Vô ý làm chết người”.
Đối với giáo viên Nguyễn Thị Thủy (chủ nhiệm lớp 1 Tokyo trường Gateway) là người nắm rõ nhiệm vụ của giáo viên chủ nhiệm phải làm gì khi học sinh vắng mặt không lý do. Theo kết luận điều tra, khoảng 7 giờ 50 ngày 6-8, bà Nguyễn Thị Thủy vào lớp điểm danh, phát hiện bé L. vắng nhưng không ghi sĩ số, không cập nhật kết quả lên hệ thống, phần mềm của nhà trường. Gần trưa cùng ngày, nhân viên giáo vụ nhà trường nhắc nhở và hướng dẫn bà Thủy cập nhật sĩ số điểm danh lên hệ thống. Sau đó, bà Thủy cập nhật nhưng ghi bé L. vắng có lý do lên hệ thống quản lý học sinh của nhà trường.
Chiều cùng ngày, khi đón các học sinh về, bà Quy phát hiện bé L. nằm bất tỉnh trong ô tô, sau ghế lái. Dù được nhân viên y tế tại trường sơ cứu và đưa vào viện nhưng bé L. được chẩn đoán “ngừng tuần hoàn ngoại viện”. Đến ngày 7-8, Nguyễn Thị Thủy nhờ nhân viên giáo vụ kiểm tra lại cập nhật điểm danh học sinh trên phần mềm. Thủy còn nhờ giáo vụ sửa lại, bé L. vắng mặt không có lý do. Tại cơ quan công an, Thủy khai biết rõ học sinh vắng mặt không lý do nhưng không liên lạc, trao đổi với gia đình dẫn đến không phát hiện ra sự việc bé L. bị bỏ quên trong ô tô.
Cơ quan điều tra xác định, bé L. tử vong do suy hô hấp - tuần hoàn do sốc nhiệt trong không gian không giới hạn, loại trừ nguyên nhân tử vong do tác động ngoại lực. Quá trình điều tra, Công an quận Cầu Giấy đã trưng cầu Viện Khoa học Hình sự, Bộ Công an giám định hình ảnh thu tại trường Gateway. Theo bản kết luận giám định, 65 tập tin video, 52 tập tin hình ảnh thu thập tại trường Gateway không phát hiện dấu vết cắt ghép, chỉnh sửa nội dung. Bên cạnh đó, hình ảnh thu tại ký túc xá Học viện Báo chí và Tuyên truyền cũng không phát hiện dấu vết chỉnh sửa.
Liên quan tới vụ án, cơ quan điều tra quận Cầu Giấy đã đề nghị Viện Kiểm sát nhân dân cùng cấp truy tố bị can Nguyễn Bích Quy và Doãn Quý Phiến về tội “Vô ý làm chết người”; bị can Nguyễn Thị Thủy về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
