Trong vụ án, có bị cáo phạm tội “Vi phạm quy định về khai thác tài nguyên” được xác định là Đoàn Văn Huấn (Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Thái Dương), bị cáo buộc đã tổ chức, chỉ đạo hoạt động khai thác quặng đất hiếm và quặng sắt tại mỏ đất hiếm Yên Phú (Yên Bái) từ năm 2019 đến năm 2023, vi phạm Luật Khoáng sản năm 2010 với số lượng khoáng sản khai thác trái phép có trị giá là hơn 864 tỷ đồng. Đoàn Văn Huấn đã tiêu thụ tổng số quặng đất hiếm và quặng sắt có giá trị hơn 736 tỷ đồng.
Liên quan tới hành vi trên, bị cáo Nguyễn Văn Chính (Phó Tổng Giám đốc kiêm Kế toán trưởng Công ty Thái Dương) đã giúp sức bị cáo Đoàn Văn Huấn trong việc chỉ đạo, khai thác, quản lý, theo dõi sản lượng khai thác, chế biến, tiêu thụ trái giấy phép và xây dựng báo cáo kết quả hoạt động khai thác gian dối của các cơ quan quản lý nhà nước.
Đối với hành vi “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí”, bị cáo Nguyễn Linh Ngọc; Nguyễn Văn Thuấn (cựu Tổng cục trưởng Tổng cục Địa chất khoáng sản - cũ), Hoàng Văn Khoa (cựu Vụ trưởng Vụ Khoáng sản - cũ), Lê Duy Phương (cựu Chuyên viên Vụ Khoáng sản - cũ) được xác định là những cán bộ, lãnh đạo tại Bộ TN-MT (cũ), được giao nhiệm vụ thực hiện công tác quản lý nhà nước trong việc thẩm định, cấp giấy phép khai thác quặng đất hiếm.
Quá trình thực hiện nhiệm vụ, các bị cáo trên đã cố ý làm trái nguyên tắc, điều kiện cấp giấy phép khai thác quặng đất hiếm cho Công ty Thái Dương; bị cáo buộc gây thất thoát của Nhà nước về tài nguyên khoáng sản với trị giá hơn 736 tỷ đồng.
Đối với các bị cáo tại Sở TN-MT tỉnh Yên Bái (cũ), cơ quan tố tụng cáo buộc, các bị cáo Hồ Đức Hợp (giám đốc), Lê Công Tiến (phó giám đốc), Bùi Đoàn Như (trưởng phòng khoáng sản) là những người có trách nhiệm chính trong quản lý, hoạt động khai thác khoáng sản trên địa bàn; trong đó có nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật về khoáng sản…
Tuy nhiên, các bị cáo biết Công ty Thái Dương đã bắt đầu khai thác, chế biến, tiêu thụ trái quy định tại mỏ Yên Phú, nhưng đã không kiến nghị xử lý để kịp thời ngăn chặn thiệt hại cho Nhà nước.
Cùng vụ án, liên quan hành vi “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, cơ quan công tố xác định, bị cáo Đoàn Văn Huấn là người trực tiếp điều hành, quyết định mọi hoạt động của Công ty Thái Dương; đã lợi dụng quyền hạn để trao đổi, thỏa thuận với Lưu Anh Tuấn (Chủ tịch HĐQT Công ty Đất hiếm Việt Nam), Đặng Trần Chí (Giám đốc Công ty Hợp Thành Phát) để khai man tài liệu kế toán, ghi nhận giá trị mua bán đất hiếm, quặng sắt trên hóa đơn thấp hơn giá trị thực tế mua bán.
Ở hành vi này, bị cáo Đoàn Văn Huấn bị cáo buộc để ngoài sổ sách kế toán Công ty Thái Dương số tiền gần 28 tỷ đồng, gây thiệt hại cho Nhà nước tổng số tiền thuế là hơn 9,6 tỷ đồng.
Trong khi đó, tại Công ty Đất hiếm Việt Nam, cơ quan công tố xác định, bị cáo Lưu Anh Tuấn đã giúp sức cho Đoàn Văn Huấn che giấu doanh thu từ việc bán đất hiếm, để ngoài sổ sách kế toán số tiền hơn 20 tỷ đồng, gây thất thu số tiền thuế hơn 7,3 tỷ đồng.
Ngoài hành vi trên, Lưu Anh Tuấn còn trực tiếp chỉ đạo nhân viên của mình liên hệ, chuyển tiền để lấy 15 hóa đơn của các công ty cấp hóa chất, phản ánh số lượng vật tư đầu vào nhiều hơn thực tế mua bán với tổng trị giá hơn 16 tỷ đồng, gây thiệt hại tiền thuế hơn 4 tỷ đồng.
