Dự thảo nghị định gồm 7 chương, 70 điều, bám sát các nội dung Luật Thuế TNCN, tập trung vào các nội dung như: người nộp thuế; thu nhập chịu thuế và các khoản thu nhập không tính vào thu nhập chịu thuế; thu nhập được miễn thuế; nguyên tắc, điều kiện miễn thuế, giảm thuế; căn cứ tính thuế đối với từng loại thu nhập; quy đổi thu nhập chịu thuế; kỳ tính thuế; khấu trừ thuế; khai thuế thay, nộp thuế thay; quyết toán thuế; hoàn thuế; hiệu lực thi hành.
Đồng thời, dự thảo nghị định cũng bổ sung quy định liên quan đến các khoản giảm trừ mà người nộp thuế được trừ khi tính thuế TNCN đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công, mở rộng phạm vi được miễn thuế đối với một số khoản thu nhập, như: thu nhập từ làm đêm, thêm giờ, các khoản trợ cấp mất việc, thôi việc; bổ sung quy định liên quan đến khoản giảm trừ cho y tế, giáo dục; người có thu nhập cao nhưng hoạt động trong lĩnh vực được khuyến khích ưu tiên; đối với đầu tư chứng khoán… Đáng chú ý, trong dự thảo nghị định, Bộ Tài chính bổ sung các khoản giảm trừ liên quan đến chi phí y tế và giáo dục - đào tạo. Theo đó, để được giảm trừ các khoản chi này, người nộp thuế phải có đầy đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật. Riêng chi phí y tế, cần có thêm bảng kê chi phí khám, chữa bệnh.
Cụ thể, phương án 1 quy định tối đa 20 triệu đồng/năm đối với chi phí khám, chữa bệnh và 21 triệu đồng/năm đối với chi phí giáo dục - đào tạo; phương án 2 nâng các mức này lên lần lượt 23 triệu đồng/năm và 24 triệu đồng/năm. Như vậy, trường hợp người nộp thuế có thu nhập 28 triệu đồng/tháng, có 1 người phụ thuộc và phát sinh chi phí y tế, giáo dục - đào tạo theo mức tối đa, sau khi giảm trừ sẽ chưa phải nộp thuế TNCN.
Theo TS Nguyễn Ngọc Tú, chuyên gia về thuế, giảng viên Trường Đại học Kinh doanh và Công nghệ Hà Nội, khi được bổ sung giảm trừ đối với chi phí y tế, giáo dục, nhiều người có thể không phải nộp thuế TNCN hoặc số phải nộp giảm đi đáng kể, nhưng mức thu nhập 28 triệu đồng/tháng không phải nộp thuế TNCN chưa thỏa đáng so với thực tế. Theo đó, mức đề xuất trên còn thấp so với chi tiêu thực tế và các nước trong khu vực. Do đó, vị chuyên gia đề xuất nâng giảm trừ đối với chi phí điều trị bệnh thông thường lên khoảng 4 triệu đồng/tháng, tức 48 triệu đồng/năm; đối với các bệnh hiểm nghèo nằm trong danh mục y tế, cần cho phép khấu trừ 100% chi phí thực tế vào thu nhập trước thuế; đối với chi phí giáo dục - đào tạo, nên nâng mức giảm trừ lên 5 triệu đồng/tháng, tương đương 60 triệu đồng/năm.