Mặc dù hụt thu nhưng tỉnh Cà Mau không điều chỉnh các khoản chi. Vì vậy, tỉnh phải tạm ứng từ ngân sách Trung ương và nguồn vượt thu tiền sử dụng đất, thu sổ xố kiến thiết để bù đắp chi.
Dù ngân sách hạn hẹp, xảy ra tình trạng hụt thu nhưng tỉnh Cà Mau vẫn “nuôi” các đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo thu chi. Cụ thể: Trung tâm đăng kiểm và cảng vụ đường thủy nội địa, Trung tâm quản lý bảo trì công trình giao thông là 2 đơn vị sự nghiệp có thu tự đảm bảo kinh phí hoạt động. Năm 2017 và 2018 ngân sách hỗ trợ tiền lương cho hai đơn vị này 4,1 tỷ đồng.
Qua thanh tra, số thu được để lại sử dụng năm 2017 của Trung tâm quản lý bảo trì công trình giao thông là 7,1 tỷ đồng. Đơn vị chi hoạt động thường xuyên trong năm 345 triệu đồng và thực hiện trích lập các quỹ với số tiền 6,8 tỷ đồng.
Trung tâm đăng kiểm và cảng vụ đường thuỷ nội địa số thu được để lại sử dụng 1,7 tỷ đồng, số chi cho hoạt động thường xuyên là 507 triệu đồng. Chênh lệch thu, chi còn lại sau khi trừ chi phí hoạt động thì trung tâm trích lập các quỹ số tiền là 1,2 tỷ đồng.
Theo Bộ Tài chính, cả hai đơn vị đã đảm bảo được cân đối thu, chi (số thu lớn hơn nhiều so với số chi). Vì vậy, ngân sách tỉnh vẫn hỗ trợ tiền lương là chưa hợp lý.
Kết luận thanh tra của Bộ Tài chính cũng cho thấy UBND tỉnh Cà Mau trong quá trình triển khai và ban hành chính sách theo thẩm quyền còn chậm. Cụ thể, tỉnh chưa thành lập Quỹ bảo vệ và phát triển rừng, chưa đưa vào phương án tính giá nước sạch khoản phí dịch vụ môi trường rừng.
Theo số liệu do Công ty cổ phần cấp nước Cà Mau cung cấp về sản lượng nước sạch bán cho người tiêu dùng trong 3 năm gần đây (2015- 2017) thì số tiền chi trả dịch vụ môi trường tính theo quy định là 1,8 tỷ đồng.
Tuy nhiên, đến thời điểm thanh tra (tháng 5-2018), UBND tỉnh Cà Mau chưa thành lập Quỹ bảo vệ và phát triển rừng, chưa trình HĐND tỉnh đưa vào phương án tính giá nước sạch để tổ chức thu phí dịch vụ môi trường rừng tính trên giá nước sạch thương phẩm. Do đó, Công ty cổ phần Cấp nước Cà Mau chưa kê khai và nộp số tiền trên.
Ngoài ra, tỉnh Cà Mau chậm ban hành Nghị quyết về phí bảo vệ môi trường dẫn đến giảm số thu tiền phí bảo vệ môi trường 1,3 tỷ đồng.