Theo đó, đối tượng của quy hoạch bao gồm nước mặt và nước dưới đất. Việc lập quy hoạch tài nguyên nước đảm bảo thực hiện theo các nguyên tắc phải phù hợp với quy hoạch tổng thể quốc gia, quy hoạch không gian biển quốc gia, quy hoạch sử dụng đất quốc gia, chiến lược phát triển bền vững Việt Nam; chủ trương, đường lối, chính sách, định hướng phát triển kinh tế - xã hội; định hướng, chiến lược phát triển ngành tài nguyên - môi trường, chiến lược quốc gia về phòng chống thiên tai. Đồng thời, bảo đảm tính liên kết tổng thể trên phạm vi từng vùng, từng lưu vực sông, nhóm lưu vực sông; đảm bảo tính đồng bộ về phạm vi, thời kỳ quy hoạch, thứ tự ưu tiên và khả năng đáp ứng nguồn lực theo các giai đoạn.
Ngoài ra, cần bảo đảm tính toàn diện, gắn kết giữa nước mặt và nước dưới đất, giữa khai thác, sử dụng với bảo vệ tài nguyên nước gắn với phòng chống tác hại do nước gây ra. Đảm bảo tính liên kết, thống nhất, hài hòa lợi ích sử dụng nước giữa thượng lưu và hạ lưu, giữa các đối tượng sử dụng nước. Bảo đảm quản lý tổng hợp tài nguyên nước theo lưu vực sông; thích ứng với tác động của biến đổi khí hậu và nước biển dâng. Đồng thời, bảo đảm an ninh nguồn nước quốc gia trên cơ sở khai thác, sử dụng, bảo vệ có hiệu quả nguồn nước nội địa; có phương án chủ động để xử lý các vấn đề liên quan đến nguồn nước quốc gia trên nguyên tắc bảo đảm chủ quyền, toàn vẹn lãnh thổ, lợi ích quốc gia và hợp tác quốc tế.