Theo đó, quá trình thanh tra phát hiện hàng loạt sai phạm như: Vinafood 2 đã không thực hiện đúng quy chế tổ chức và hoạt động của Hội đồng thành viên Tổng công ty về trình tự, thủ tục xử lý trách nhiệm các Phó tổng giám đốc; giám đốc các công ty cổ phần và giám đốc công ty hạch toán phụ thuộc.
Vinafood 2 không kiểm tra, đôn đốc việc xử lý cá nhân, tập thể của các đơn vị có khuyết điểm, tồn tại theo kết luận của Thanh tra Chính phủ. Đến thời điểm kết thúc thanh tra, Vinafood 2 vẫn chưa thu hồi số tiền hơn 6,1 tỷ đồng do Hiệp hội Lương thực Việt Nam thu phí ủy thác xuất khẩu và hơn 217 triệu đồng do nghiệm thu sai so với thực tế gói thầu san nền tại dự án chợ chuyên kinh doanh lúa gạo Thốt Nốt.
Bộ NN-PTNT kết luận trách nhiệm đối với những tồn tại, thiếu sót trên chủ yếu thuộc Tổng giám đốc Vinafood 2 (đồng thời là Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Việt Nam).
Ngoài ra, từ năm 2014 đến thời điểm thanh tra, Vinafood 2 đã bán tài sản trên đất, chuyển quyền sử dụng đất sai quy định. Các lô đất bán bao gồm 697m2 tại ấp Tân Phú 2, xã Tân Thuận Bình, huyện Chợ Gạo, tỉnh Tiền Giang với giá 179 triệu đồng; 3 cồn nuôi trồng thủy sản và tài sản đi kèm tại Công ty Nông sản thực phẩm Trà Vinh với giá gần 102 tỷ đồng; căn nhà số 02 đường Điện Biên Phủ, TP Trà Vinh với giá 12,6 tỷ đồng. Tổng giá trị 3 tài sản đã bán là gần 115 tỷ đồng.
Vinafood 2 tự tính số tiền chuyển nhượng sau khi trừ các chi phí, số còn lại tạm nộp vào tài khoản của Cục Quản lý công sản, Bộ Tài chính là sai quy định. Chịu trách nhiệm đối với những sai phạm này chủ yếu thuộc về Hội đồng thành viên Vinafood 2, trực tiếp là Chủ tịch Hội đồng thành viên tại thời điểm ban hành chủ trương bán tài sản và Tổng giám đốc Tổng công ty Vinafood 2.
