Chiều 17-9, áp thấp nhiệt đới tiếp tục đi sâu vào đất liền và suy yếu thêm thành một vùng áp thấp.
Các nguồn dự báo độc lập cho rằng Trung tâm Dự báo khí tượng - thủy văn quốc gia đã dự báo không đúng về hướng đổ bộ của bão số 6 (nhận định bão đổ bộ vào Bắc bộ nhưng trên thực tế bão đổ bộ vào Trung Quốc) cũng như lượng mưa sau bão. Trên thực tế ngày 17-9, lượng mưa ở Bắc bộ rất nhỏ. Một số nguồn dự báo độc lập cũng đề nghị cần tính toán, cân nhắc kế hoạch xả nước tại các hồ thủy điện vì bão Mangkhut không gây mưa lớn cho miền Bắc. Do đó, nếu xả nước quá tay sẽ dẫn tới thiếu nguồn nước cho phát điện và sản xuất nông nghiệp vào mùa khô sắp tới. Ngày 16-9, Công ty Thủy điện Hòa Bình đã được lệnh đóng 1 cửa xả đáy.
Tại cuộc họp ngày 17-9, ông Nguyễn Trường Sơn, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Phòng chống thiên tai (Bộ NN-PTNT) cho biết, đến thời điểm này, bão đã di chuyển vào đất liền Trung Quốc và chưa có bất kỳ thiệt hại nào đối với Việt Nam. Tuy nhiên, các lực lượng chức năng và chính quyền địa phương không được chủ quan mà cần chuẩn bị phương án ứng phó với hoàn lưu của bão. Dự báo mưa không lớn nhưng các hình thái thời tiết sau bão thì vẫn có thể gây mưa cục bộ tại một số địa phương, rất dễ gây ra sạt lở đất và lũ quét. Công tác phòng ngừa chuẩn bị ứng phó với mưa lũ, sạt lở đất, lũ quét vẫn phải triển khai nghiêm túc để đảm bảo giảm thiểu thiệt hại vì những đợt lũ quét, sạt lở đất trước đây cũng không có bão, chỉ có mưa cũng đã gây thiệt hại rất lớn. Công tác phòng ngừa với mưa ở khu vực miền núi phía Bắc, phòng ngừa lũ quét sạt lở đất vẫn thường xuyên phải triển khai bất kể khi có bão hay không có bão.
Ngày 17-9, Trung tâm Dự báo khí tượng - thủy văn quốc gia đã cập nhật thêm về dự báo mực nước sông Cửu Long đang xuống theo triều. Mực nước cao nhất ngày 16-9, trên sông Tiền tại Tân Châu 3,98m; trên sông Hậu tại Châu Đốc 3,61m. Trong 2-3 ngày tới, mực nước sông Cửu Long tiếp tục xuống sau đó lên lại. Đến ngày 25-9, mực nước cao nhất ngày tại Tân Châu ở mức 4,05m; tại Châu Đốc ở mức 3,65m; tại các trạm ở hạ lưu sông Cửu Long lên mức báo động 1-2 hoặc trên 2. Trong những ngày tiếp theo, mực nước sông Cửu Long tiếp tục lên chậm. Đến ngày 30-9, mực nước cao nhất ngày tại Tân Châu ở mức 4,1m; tại Châu Đốc ở mức 3,7m. Nguy cơ cao xảy ra ngập lụt ở các vùng trũng thấp và mất an toàn đê bao tại tỉnh thuộc vùng đồng bằng sông Cửu Long, đặc biệt là các tỉnh Kiên Giang, An Giang, Đồng Tháp, Long An.
