Dự báo đến năm 2020, tình trạng khan hiếm nước, thiếu nước sẽ còn tăng mạnh so với hiện nay và hầu hết lưu vực các sông của Việt Nam đều ở trạng thái căng thẳng về khai thác, sử dụng nguồn nước. Một số khu vực, nguồn nước có nguy cơ ô nhiễm chất arsen cao, nhất là ở vùng đồng bằng sông Hồng (có 792 xã bị ảnh hưởng), đồng bằng sông Cửu Long (229 xã), vùng Bắc Trung bộ (155 xã).
Nguồn nước ở hầu hết khu vực đô thị, khu công nghiệp, làng nghề đều đã bị ô nhiễm, nhiều nơi ô nhiễm nghiêm trọng (như lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy, sông Cầu, sông Đồng Nai, sông Sài Gòn) do nước thải từ các cơ sở sản xuất, khu công nghiệp, khu đô thị… không được xử lý hoặc xử lý chưa đạt tiêu chuẩn, nhưng vẫn xả thải vào nguồn nước.
Để hạn chế tình trạng ô nhiễm nguồn nước, TS Bùi Du Dương, Trưởng ban Kiểm sát tài nguyên nước (Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia - Bộ Tài nguyên và Môi trường) cho rằng, cần tập trung đưa Luật Tài nguyên nước thực sự đi vào cuộc sống, bảo đảm việc thực hiện nghiêm các yêu cầu phòng chống ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nguồn nước; đồng thời, bảo vệ tài nguyên nước quốc gia hiệu quả và bền vững. Xây dựng các cơ chế chia sẻ, phối hợp, giám sát để tăng cường điều phối hoạt động khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước và phòng chống những tác hại do nước gây ra.
Trước hết là xây dựng quy trình vận hành của hệ thống các hồ chứa quan trọng để đảm bảo việc sử dụng và khai thác nguồn nước hợp lý, hài hòa đa mục tiêu giữa các đối tượng sử dụng nước và các địa phương.