Theo Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính – Ngân sách Nguyễn Đức Hải, cơ quan giám sát đã đi giám sát thực tế tại 19 quỹ tài chính ngoài ngân sách do Trung ương quản lý, đồng thời tổ chức 2 đoàn giám sát đến làm việc tại các địa phương là TPHCM, An Giang, Cần Thơ, Lâm Đồng, TP Hà Nội, Hòa Bình, Thanh Hóa và Hưng Yên.
Bên cạnh một số quỹ hoạt động khá hiệu quả, cơ bản thực hiện tốt các nhiệm vụ, chức năng được giao, còn nhiều quỹ hoạt động kém hiệu quả, việc quản lý, sử dụng chưa chặt chẽ, việc kiểm tra, kiểm soát, đôn đốc rút kinh nghiệm chưa thực sự được quan tâm. Một số quỹ chi thực hiện nhiệm vụ không hợp lý và dư nguồn tại nhiều quỹ ở Trung ương và địa phương còn lớn.
Trong khi đó, hệ thống pháp luật về quản lý, sử dụng các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách khá phức tạp, chưa có văn bản quy phạm pháp luật cụ thể hóa các quy định tại Luật Ngân sách nhà nước 2015 nhằm điều chỉnh các nguyên tắc chung về quỹ ngoài ngân sách.
Nguồn thu của một số quỹ tài chính ngoài ngân sách còn phụ thuộc vào ngân sách nhà nước hoặc có nguồn thu trùng với nguồn thu của ngân sách nhà nước, các nguồn thu khác không đáng kể, trái với quy định tại Luật Ngân sách nhà nước năm 2015, Ủy ban Tài chính – Ngân sách nhận định.
Báo cáo của Chính phủ về vấn đề này khẳng định, Chính phủ sẽ kiên quyết dừng hoạt động, giải thể hoặc cơ cấu lại đối với các quỹ không có khả năng tự cân đối, hoạt động hiệu quả hoặc quỹ có nguồn thu, nhiệm vụ chi trùng với ngân sách nhà nước; sáp nhập các quỹ trùng lặp về mục tiêu, nhiệm vụ, đối tượng phục vụ để giảm đầu mối, tập trung nguồn lực và thực hiện tốt hơn nhiệm vụ đặt ra. Việc thành lập quỹ tài chính nhà nước mới sẽ chỉ được xem xét trong trường hợp thực sự cần thiết, đáp ứng các điều kiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước năm 2015.
Chính phủ cũng cho biết đã yêu cầu các bộ, ngành thực hiện rà soát một số quỹ trùng lặp với nguồn thu, nhiệm vụ chi của ngân sách nhà nước, từng bước chuyển thành nhiệm vụ chi ngân sách, trong đó bao gồm Quỹ phòng chống tác hại thuốc lá, Quỹ bảo vệ môi trường Việt Nam, Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia, Quỹ bảo vệ và phát triển rừng, Quỹ dịch vụ viễn thông công ích...
Riêng Quỹ phát triển khoa học, công nghệ quốc gia cần xem xét chuyển các nhiệm vụ chi hỗ trợ, tài trợ không hoàn lại của quỹ thành nhiệm vụ chi của ngân sách, có lộ trình cắt giảm, tiến tới dừng bố trí chi ngân sách nhà nước hỗ trợ hoạt động của quỹ.
Đáng lưu ý, Chính phủ cũng đã giao Bộ Ngoại giao trình Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định giải thể Quỹ hỗ trợ các hoạt động ngoại giao phục vụ kinh tế và Quỹ hỗ trợ vận động cộng đồng người Việt Nam ở nước ngoài.