Theo đó, Cục Thuế Đồng Nai ban hành quyết định kiểm tra quyết toán thuế từ năm 2019- 2021 đối với LIOA Đồng Nai nhưng công ty làm văn bản gia hạn được kiểm tra sau ngày 31-3-2023. Tuy nhiên, nhiều công ty cung cấp đầu vào cho LIOA Đồng Nai không hoạt động tại địa chỉ đăng ký thuế, mà trong lĩnh vực thương mại, doanh thu lớn, sau đó dừng hoạt động để tránh sự kiểm tra của cơ quan thuế.
Cục Thuế Đồng Nai cũng chuyển hồ sơ đề nghị hoàn thuế kỳ tháng 2 và tháng 3-2023 từ diện "hoàn trước, kiểm sau" sang diện "kiểm trước, hoàn sau". Kiểm tra từ tháng 1-2019 đến tháng 3-2023, cơ quan thuế phát hiện Công ty LIOA Đồng Nai có dấu hiệu sử dụng hóa đơn VAT đầu vào không hợp pháp của 66 doanh nghiệp với trị giá gần 5.880 tỷ đồng, tương ứng với số thuế VAT gần 588 tỷ đồng.
Ngày 9-8, Cục Thuế Đồng Nai có văn bản trả lời Công ty LIOA Đồng Nai cho rằng, hồ sơ hoàn thuế tháng 2 và tháng 3-2023 của công ty đề nghị hoàn là hơn 60 tỷ đồng, cơ quan thuế trước mắt giải quyết hơn 10 tỉ đồng. Cục Thuế Đồng Nai sẽ giải quyết việc hoàn thuế tháng 4-2023 hơn 39,6 tỷ đồng, tháng 5-2023 là hơn 35,8 tỷ đồng giải quyết trong 40 ngày theo quy định.
Cục Thuế Đồng Nai sẽ căn cứ vào kết luận của cơ quan điều tra, đủ điều kiện hoàn thì Cục Thuế Đồng Nai sẽ tiếp tục xử lý hoàn thuế phần còn lại, đảm bảo thực hiện đúng pháp luật về hoàn thuế GTGT.
Trước đó, Công ty LiOA Đồng Nai có đơn kêu cứu lên các cơ quan Trung ương vì từ đầu năm 2023 đến nay, số tiền chậm hoàn thuế hơn 200 tỷ đồng khiến công ty gặp vô vàn khó khăn, có nguy cơ phá sản.
