Theo đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Xây dựng (cơ quan chủ quản Cục HHĐTVN) thực hiện nghiêm các kết luận, kiểm điểm và xử lý trách nhiệm các tập thể, cá nhân vi phạm. Bộ Xây dựng cần sớm khắc phục hạn chế về văn bản pháp luật, khẩn trương ban hành định mức hao phí máy thi công nạo vét ngay trong năm 2026.
Đồng thời, Bộ Xây dựng phải phê duyệt kế hoạch bảo trì dựa trên dữ liệu khảo sát rõ ràng, rà soát cơ chế dự án nạo vét tận thu sản phẩm để thu hồi các khoản chi sai để nộp ngân sách nhà nước. Bộ Xây dựng cần tổ chức thanh tra, kiểm tra các dự án bảo trì khác có dấu hiệu vi phạm.
Đối với Cục HHĐTVN, Thanh tra Chính phủ yêu cầu chấn chỉnh toàn diện mọi khâu từ thiết kế đến lựa chọn nhà thầu, thi công và nghiệm thu. Cục HHĐTVN phải rà soát tính hợp lệ của các gói thầu mà hồ sơ dự thầu không đáp ứng yêu cầu cơ bản nhưng vẫn trúng thầu; nếu phát hiện thiệt hại phải xử lý thu hồi, bồi thường hoặc chuyển cơ quan chức năng xử lý theo quy định.
Cơ quan thanh tra cũng đề nghị Cục HHĐTVN tăng cường thanh tra, kiểm tra để kịp thời phát hiện vi phạm về thi công.
Quá trình thanh tra ghi nhận, Cục HHĐTVN đã chủ động nộp ngân sách nhà nước hơn 60,2 tỷ đồng để khắc phục sai sót liên quan đến thiết kế và thi công vượt mái dốc, hố trung chuyển. Thanh tra Chính phủ yêu cầu Cục HHĐTVN tiếp tục giảm trừ dự toán, quyết toán và thu hồi nộp ngân sách nhà nước gần 1,7 tỷ đồng. Khoản này bao gồm chi phí tính trùng trong tư vấn, khảo sát phục vụ bàn giao mặt bằng và việc thanh toán sai khối lượng tại dự án đê kè Cửa Việt, kênh Hà Nam.
Đồng thời, cơ quan thanh tra đề nghị Cục HHĐTVN cùng các đơn vị liên quan phải tiến hành kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức để xảy ra sai phạm.