Đó là, các vị trí Nhà máy nước Thiện Tân (huyện Vĩnh Cửu), bến đò Biên Hòa - Bửu Long, cầu Hóa An, Nhà máy nước Biên Hòa, các cù lao Cỏ, Hiệp Hòa và Ba Xê (TP Biên Hòa).
Tuy nhiên, hàm lượng dioxin đo được rất thấp, dao động từ 1,2 - 3,7 ppt, thấp hơn khoảng 6-18 lần so với ngưỡng giới hạn cho phép (theo Quy chuẩn Việt Nam 43:2012/BTNMT thì ngưỡng cho phép là 21,5 ppt) chưa đến mức ô nhiễm, chưa ảnh hưởng trực tiếp đến sức khỏe nên người dân vẫn có thể yên tâm sử dụng nguồn nước sông Đồng Nai.
Việc lấy mẫu và phân tích trầm tích trên sông Đồng Nai có sự phối hợp giữa Sở TN-MT tỉnh với các cơ quan Trung ương như Trung tâm Quan trắc môi trường (Tổng cục Môi trường, Bộ TN-MT), Trường Đại học Khoa học tự nhiên (Đại học Quốc gia Hà Nội), Viện Nghiên cứu hạt nhân Đà Lạt dựa trên 19 thông số trong đó có thông số về dioxin.
Theo ông Đặng Minh Đức (Giám đốc Sở TN-MT Đồng Nai), việc tích tụ chất dioxin có thể từ nhiều nguyên nhân, trong đó có thể từ việc phun hóa chất diệt trừ cỏ do quân đội Mỹ sử dụng trong cuộc chiến tranh Việt Nam, nhưng để khẳng định chính xác thì phải có những nghiên cứu đánh giá chính xác hơn từ các cơ quan hữu quan. Nhận định này là rất có cơ sở vì sau dự án xử lý Dioxin ở sân bay Đà Nẵng vừa kết thúc, Bộ Quốc phòng sẽ phối hợp với Cơ quan Phát triển quốc tế Mỹ USAID khởi công dự án xử lý, tẩy độc dioxin tại sân bay Biên Hòa, trên diện tích 51ha bằng nguồn vốn ODA của Chính phủ Mỹ theo cam kết của Tổng thống Obama trong chuyến thăm Việt Nam vào năm 2016.