Theo phương án tổ chức giao thông, trong giai đoạn đầu, cơ quan chức năng chỉ cho phép xe ô tô cá nhân 9 chỗ ngồi trở xuống được phép lưu thông từ cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây vào cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu thông qua nhánh kết nối nêu trên.
Hướng tuyến cụ thể sẽ đi như sau: phương tiện từ TPHCM đi trên cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây hướng Dầu Giây, khi qua nút giao quốc lộ 51 khoảng 200m sẽ rẽ phải để nhập vào cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu.
Đối với xe từ khu vực Long Thành và Nhơn Trạch, tài xế di chuyển về khu vực nút giao quốc lộ 51 để vào cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây, tiếp tục đi hướng Dầu Giây rồi rẽ phải vào nhánh kết nối tại nút giao Long Thành.
Riêng chiều từ Dầu Giây về TPHCM muốn chuyển sang cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu hiện chưa thể kết nối trực tiếp, do các nhánh giao thông chưa hoàn thiện đồng bộ. Phương tiện phải rời cao tốc tại khu vực quốc lộ 51, quay đầu theo hướng ngược lại trước khi nhập vào nhánh T2.
Ngành chức năng khuyến cáo tài xế chú ý quan sát biển báo, giảm tốc độ khi tiếp cận nút giao Long Thành và tuân thủ hướng dẫn phân luồng trong những ngày đầu vận hành để bảo đảm an toàn, tránh đi nhầm hướng hoặc gây ùn ứ.
Việc mở nhánh 2, đường T2 tại nút giao Long Thành được xem là bước tháo gỡ quan trọng trong tổ chức giao thông đường cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu. Do trước đó, tuyến chính dài 54km đã được đưa vào khai thác nhưng nhiều nút giao lớn vẫn chưa thể vận hành đồng bộ, trong đó có nút giao Long Thành, điểm kết nối trực tiếp với cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây.
Trước thực tế trên, Bộ Xây dựng, Cục Đường bộ Việt Nam cùng các địa phương và đơn vị liên quan đã rà soát phương án tổ chức giao thông, thống nhất mở nhánh 2 đường T2 thuộc nút giao Long Thành, để kết nối trực tiếp hai tuyến cao tốc.
