Mục tiêu của chương trình nhằm thiết lập hệ thống cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị và phương tiện hiện đại, đạt trình độ tiên tiến phục vụ công tác điều tra cơ bản, quan trắc, kiểm soát, bảo vệ môi trường và xây dựng cơ sở dữ liệu về biển, hải đảo đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ quản lý tổng hợp TN-MT biển, hải đảo trong tình hình mới, góp phần đạt được các mục tiêu của Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045.
Chương trình đã đề ra các nhiệm vụ: giải pháp nhiệm vụ, giải pháp chủ yếu cần thực hiện. Cụ thể như tăng cường năng lực quan trắc TN-MT biển và hải đảo, bao gồm: đầu tư, nâng cấp mạng lưới quan trắc TN-MT biển, hải đảo (32 trạm quan trắc tổng hợp TN-MT, 25 trạm radar biển, 35 trạm phao biển theo Quy hoạch mạng lưới quan trắc TN-MT quốc gia giai đoạn 2016-2025, tầm nhìn đến năm 2030 được Thủ tướng phê duyệt); tăng cường năng lực quản lý tổng hợp; điều tra, khảo sát; kiểm soát ô nhiễm môi trường biển và hải đảo; tăng cường phương tiện, trang thiết bị kỹ thuật hiện đại phục vụ điều tra, khảo sát, kiểm soát ô nhiễm và quản lý tổng hợp TN-MT biển và hải đảo cho Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam; đầu tư cơ sở vật chất và trang thiết bị kỹ thuật thiết yếu phục vụ điều tra cơ bản cho các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam; đa dạng hóa các hình thức hợp tác giữa tư nhân và nhà nước, trong nước và nước ngoài để tăng cường năng lực quan trắc, điều tra, khảo sát, nghiên cứu khoa học biển và kiểm soát, bảo vệ môi trường biển; đẩy mạnh phối hợp giữa các bộ ngành, địa phương có biển trong quá trình triển khai thực hiện các nhiệm vụ, dự án đảm bảo chia sẻ thông tin, dữ liệu; khai thác tối đa năng lực, kinh nghiệm, phương tiện, trang thiết bị.