Theo cơ cấu tổ chức mới, nhà trường sắp xếp, kiện toàn các đơn vị đào tạo và nghiên cứu theo mô hình trường đại học đa ngành, đa lĩnh vực.
Cụ thể, thành lập 3 trường chuyên ngành trực thuộc trên cơ sở sáp nhập và phát triển từ các khoa hiện có, gồm: Trường Thủy sản và Khoa học sự sống; Trường Kỹ thuật và Công nghệ; Trường Kinh tế và Kinh doanh.
Sau khi tái cơ cấu, Trường Đại học Nha Trang tiếp tục duy trì hệ thống các phòng chức năng, trung tâm và đơn vị hỗ trợ. Trong đó có các khoa: Công nghệ Thông tin, Khoa học xã hội và Nhân văn, Du lịch, Ngoại ngữ; cùng Viện Nghiên cứu chế tạo tàu thủy.
Lãnh đạo Trường Đại học Nha Trang cho biết, định hướng xây dựng nhà trường trở thành một cơ sở giáo dục đại học công lập tự chủ, đổi mới sáng tạo, lấy người học làm trung tâm và phục vụ hiệu quả sự phát triển kinh tế – xã hội của khu vực và cả nước.
Tiền thân Trường Đại học Nha Trang là Khoa Thủy sản, thuộc Học viện Nông Lâm Hà Nội, được thành lập ngày 1-8-1959. Ngày 16-8-1966, đơn vị được tách ra và mang tên Trường Thủy sản. Năm 1976, Trường chuyển từ Hải Phòng vào Nha Trang (tỉnh Khánh Hòa). Sau nhiều lần đổi tên, từ ngày 25-7-2006, Trường chính thức mang tên Trường Đại học Nha Trang.
