Đây là bệnh viện đa khoa công lập sử dụng cơ sở hạ tầng sẵn có của Trung tâm Y tế huyện Cần Giờ (trước đây) do Bệnh viện Từ Dũ đảm trách (hoạt động theo mô hình cơ sở 2), được liên kết chặt chẽ với nhiều bệnh viện đa khoa, chuyên khoa đầu ngành của TPHCM.
Theo đó, Bệnh viện Từ Dũ triển khai chuyên khoa Sản - phụ khoa và chịu trách nhiệm vận hành và quản trị bệnh viện.
Các chuyên khoa khác sẽ do các bệnh viện chuyên của thành phố đảm trách, bao gồm: Bệnh viện Nhi đồng Thành phố, Bệnh viện Lê Văn Thịnh (chuyên khoa Nội, Ngoại, bao gồm cả lọc thận), Bệnh viện Mắt, Bệnh viện Răng Hàm Mặt, Bệnh viện Tai Mũi Họng, Bệnh viện Phục hồi chức năng và bệnh nghề nghiệp, Bệnh viện Da liễu. Các bệnh viện này sẽ biệt phái cán bộ chuyên môn phụ trách các khoa lâm sàng và cử các bác sĩ chuyên khoa luân phiên đến công tác tại Bệnh viện Từ Dũ cơ sở 2.
Ngoài nhiệm vụ chính khám, chữa bệnh cho người dân trên địa bàn Cần Giờ và các vùng lân cận, Bệnh viện Từ Dũ cơ sở 2 còn được giao hỗ trợ tư vấn, hội chẩn từ xa với các trạm y tế xã trên địa bàn; tham gia các chương trình y tế dự phòng, chăm sóc sức khỏe ban đầu, phát triển mạng lưới y tế cơ sở trên địa bàn.
