Trước đó, trong thời gian làm Hiệu trưởng Trường THPT Chu Văn An (phường Buôn Ma Thuột, tỉnh Đắk Lắk), bà Huệ mắc nhiều vi phạm và bị Sở GD-ĐT kỷ luật bằng hình thức khiển trách.
Nhưng sau đó, bà Huệ tiếp tục tái phạm và bị Sở GD-ĐT “phê bình nghiêm khắc" và điều động về làm Hiệu trưởng Trường THPT Cao Bá Quát. Không đồng ý kết quả giải quyết, một giáo viên tại Trường THPT Chu Văn An đã làm đơn tố cáo lãnh đạo Sở GD-ĐT tỉnh Đắk Lắk.
Đầu năm 2025, Chủ tịch UBND tỉnh Đắk Lắk kết luận trong vòng 24 tháng, bà Huệ có 2 lần vi phạm khuyết điểm cùng hành vi vi phạm, được coi là tái phạm, phải xử lý kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo. Việc điều động, bổ nhiệm bà Huệ giữ chức vụ bổ nhiệm giữ chức Hiệu trưởng Trường THPT Cao Bá Quát là chưa đúng quy định.
Tháng 9-2025, Giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Đắk Lắk đã ký quyết định kỷ luật bà Huỳnh Thị Kim Huệ bằng hình thức cảnh cáo. Lý do kỷ luật, bà Huệ với trách nhiệm là hiệu trưởng, đã có nhiều khuyết điểm, vi phạm trong việc thực hiện các quy định về quy chế chuyên môn, các khoản thu, chi ngoài ngân sách và quản lý tài chính, tài sản công.
