Theo báo cáo trong năm 2018, đã kiểm tra theo kế hoạch và đột xuất hơn 70.500 cơ sở sản xuất kinh doanh vật tư nông nghiệp, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản, phát hiện 5.223 cơ sở vi phạm và xử phạt gần 40 tỷ đồng.
Mặc dù qua kiểm tra 477 mẫu thịt, 3.506 mẫu nước tiểu động vật nhưng không phát hiện có mẫu nào dương tính với chất cấm Salbutamol, song cơ quan chức năng đã phát hiện có 271 trong số 2.060 mẫu thịt vi phạm chỉ tiêu vi sinh, chiếm 13,1% (giảm 26,7%); 5 trong số 2.472 mẫu thịt tươi vi phạm chỉ tiêu hóa chất, kháng sinh (chỉ chiếm 0,2%)...
Theo đánh giá, việc xử lý dứt điểm vấn đề lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y, hóa chất, kháng sinh trong kinh doanh rau quả và thủy sản vẫn chưa đạt chỉ tiêu đề ra, chưa đáp ứng được yêu cầu ngày càng cao về đảm bảo an toàn thực phẩm cho tiêu dùng trong nước và xuất khẩu.
Bộ NN-PTNT đã có văn bản gửi các đơn vị liên quan và các địa phương yêu cầu truy xuất, xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm theo quy định của pháp luật, tăng cường kiểm soát sản xuất, lưu hành, sử dụng thuốc thú y, hóa chất, sản phẩm xử lý môi trường trong nuôi trồng thủy sản. Tổ chức xác minh, cung cấp thông tin kịp thời, chính xác về các sự cố an toàn thực phẩm, tạo niềm tin cho người dân. Giải quyết kịp thời, hiệu quả các rào cản kỹ thuật về kiểm dịch và an toàn thực phẩm, duy trì xuất khẩu nông sản, thủy sản sang các thị trường truyền thống như EU, Hàn Quốc, Trung Quốc...
Năm 2019, Bộ NN-PTNT đặt mục tiêu giảm thêm 10% mẫu thực phẩm nông lâm thủy sản vi phạm quy định về ô nhiễm sinh học, tạp chất, tồn dư thuốc bảo vệ thực vật, hóa chất so với năm 2018.
